獨孤整死了，被三支毒箭射死在獨孤府百丈之外，當消息傳出，在李唐朝野引起了軒然大波。李淵下旨將京兆尹于氏家方于筠革職查辦，由兵部尚書趙孝慈接任，又令刑部、御史臺和大理寺會審獨孤整被刺殺的原因，此案由刑部牽頭，三司各抽精干之士聯合調查，限定十天查清兇手。
李淵又令太子李建成前去慰問獨孤氏，以示自己對舅父的誠摯哀悼，追贈他為鄭國公、加封上柱國，準許獨孤氏以國公之禮厚葬獨孤整。在收棺大殮之日，李淵卸下龍袍，以外甥這個私人身份下跪拜祭，可謂是關懷備至，贏得李唐朝野上下一片贊譽，皆贊李淵皇恩浩蕩、仁義至孝。
五天后，刑部拿出了比較詳實的調查方案，并指出獨孤整極有可能是被李密謀殺，理由有三：一是射中獨孤整之冷箭是榆木制成，這是李密內軍的專門箭桿；第二個理由是在案發前一天，有三名南方口音的男子在凌云酒坊要了一間客房，并詢問獨孤府所在，然后有人看到他們在獨孤府附近徘徊了很久，案發之后，他們再也沒有回到凌云酒坊，他們離開得比較匆忙，連行李都沒有回來取，他們的衣服料子產自江南。
第三個理由更為合理，說是房玄齡的到訪，讓李密擔心隋唐休戰，致使隋軍全力攻魏，所以為了破壞隋唐締結合約，李密企圖嫁禍隋朝。
當然了，這三個理由都比較牽強，缺乏直接有力的證據來證實，所以無法出具正式證明，但無論如何，調查都將矛頭指向了李密。各種說法也因此在襄陽傳播，但官方始終沒有一個正式的說法，而在有心人的引導下，各種傳言越來越變得荒謬。
……
盡管襄陽城內眾說紛紜，但是對于李淵而言，他已經顧及不到城中的混亂了，只因房玄齡離開不久，周邊的隋軍便壓向了唐境。這一次，除了南陽、淅陽方向沒有異動之外，漢川、順政、漢陽、臨洮等地隋軍時不時的在大唐邊城耀武揚威，雖然沒有正式開打，但動不動就一箭飛上城頭，挑釁意味十足，使求援之信如雪花一般送到了襄陽。
這其實也是楊侗所執行的戰略欺騙，目的是讓李密以為隋朝秉承先唐后魏的戰術，同時也是為了進一步逼迫李淵，以讓李唐更快的陷入內亂之中，不讓李淵有充足的時間對關隴貴族采取溫水煮蛙的溫和手段。
李淵的主力盡皆駐扎在荊襄一帶，巴蜀雖不至于是兵力空虛，但除了各個邊郡之兵，內部也只有郡兵而已，這些不經戰事、久疏戰陣的巴蜀軍根本抵御不了身經百戰的隋軍，如果巴蜀丟失，李淵就只剩下荊襄五郡了。這是李淵絕不能容忍的事情，那么李淵在四面受敵的情況下，他會抽調哪里的軍隊回防巴蜀？捉襟見肘的荊襄之軍顯然不可能，一是時間上來不及，二是身為帝都的襄陽也一樣重要，不能有失。如果他調荊襄軍入蜀，那么漢水防線便會出現致命的漏洞，隋軍只需破開漢水大堤，便能水淹西城，第七軍順流而下，占領西城郡和房陵，繼而占領巴東，掐斷巴蜀和荊襄的聯系，致使荊襄得不到巴蜀的一粒糧食、一名援軍。與此同時，淅陽和南陽方向的軍隊也可以直指襄陽。所以擺在李淵眼前的只能繼續在巴蜀強行征兵，必然引導致李唐局勢進一步惡化，而楊侗就是要李淵走出這一步臭棋，營造出窮兵黷武的局面。
面對來自巴蜀的求援之信，李淵不得不推翻劉文靜之前的推斷，認為隋軍是真的對自己下手了，可是他想馳援巴蜀的時候，竟發現擁有三十多萬大軍的自己竟然兵力不足，無軍可派。
在御書房中豎起了一個大木架，一塊木板上釘著一幅李唐疆域圖，白旗代表唐軍兵力部署，而紅旗則代表隋朝的兵力情況，陳叔達和劉文靜在給李淵分析各地局勢，入宮稟報的李元吉站在一旁，似乎想說什么，卻又因為顧慮到旁邊在外人在，不好說出口，只能耐心的等待著。
“圣上也不用太過著急，我們本來就危機四伏，現在只是危機真正降臨了而已，其實真實的處境和之前區別不大，只要我們借助山川之便，應對得當，依舊可以堅持得下去。”
陳叔達一邊安慰李淵，一邊用木桿指著木架上的地圖，沉聲解釋道：“目前我們在漢水防線投入了十二萬軍隊，包括襄陽、夷陵的新兵在內，荊襄計有二十二萬之多；在清化、義城、武都、宕昌、同昌各有一萬；蜀郡的兩萬新兵和通川、巴西、普安、平武、汶山各郡的五千郡兵，是巴蜀的第二道防線，以及后援。加上襄陽兩萬元從禁軍、兩萬新軍、一萬武川卒，共有大軍三十八萬左右，這就是我大唐的全部兵力。”
“隋軍現在雖然大舉來犯，一時之間雖然有些出人意料，卻也在我們的意料之中，只是來得太過突然，讓我們慌了手腳。但巴蜀山川險峻，隋軍一時也攻不下來，我們可以將通川和巴西的郡兵支援清化、普安支援義城、普安和平安支援武都、汶山支援宕昌，蜀郡的兩萬新兵則移到巴西郡，隨時支援出現破綻的防線，這樣雖然使這六郡沒有駐軍，但只要外圍防線在手，隋軍也飛不過來。”
“其實我軍如果防守得力，不僅可以穩住局勢、以戰練兵，甚至還可以借助山川地利之便殲滅一部分主戰隋軍，戰事拖得越久，隋軍的兵力、士氣、作戰意志消耗越大。反觀我軍，則是士氣越高、慢慢向精銳之師蛻變。我大唐只有隋朝一個敵人，而楊侗還有李密、林士弘等敵人，要是隋軍在某處戰場出現重大失誤，各路諸侯不用我大唐聯絡，便會不約而同的反攻，雖不至于讓隋軍全線潰敗，但是對于我們來說，至少獲得了寶貴的喘息時間，軍隊也在戰斗中得到成長。接下來拼的就是韌勁和國力了。”