但首輔人鬧別扭，既不找他匯報思想，平常工作中也少了那種親密無間，勁往一處使那種爽感。朱翊鈞發現張居正思想出現問題，就不得不安慰張居正，并給出看似合理的解釋。
萬歷二年年底，借著某次張居正單獨匯報工作的機會。朱翊鈞問他道：“老先生欲丈量天下，行一條鞭法，原打算何時行之？”
張居正回奏道：“臣欲在萬歷五、六年時行之。其時皇上必然已經大婚親政，且東北開發有成，那時卻當其時也——到那時皇上再整理江南也不遲。”
朱翊鈞聽了，溫言笑道：“那明年、后年，要用潘季馴治河、治淮、治江，全國大興水利，阻力最大的將在何處？”
張居正聽了，為之默然。朝廷治河，年年都要支出大筆銀子。除了正常的費用外，治理河道的上下官、差貪污也是頭疼事。另外大量資源要用來贖買豪紳之家，否則好些工程必然干不成——一方面，組織工役需要這些家配合；另一方面，還要防止他們使壞。
為什么他們要使壞呢？因為全國各大小流域，圩田最多的就是這些豪紳之家。普通小民圩田，官府不認賬，沒有產權的地誰敢種？但豪紳之家不怕，他們經常在朝廷興修水利的時候留一些不必要的閘門甚或故意造一些豆腐渣堤壩，以便于洪水過去了，他們在防洪工程內圩田引水方便。
朱翊鈞道：“朕非是反對圩田，而是反對在泄洪防汛工程內圩田！你也看了潘季馴的奏報，太湖南部的‘橫塘縱溇’，既能分山洪激流，又能在旱季利用河渠引水灌溉，誠為兩便。”
“然而，潘季馴還奏報了，胡亂圩田危害也大。以皖江支流西河為例，原本有三處入江口。具體地名朕不記得，現在兩處入江口都圩了田。洪峰來時，若那兩處圩田的壩子潰了——數十萬丁口之地立成澤國！”
張居正聽了，額頭上汗津津的。聽朱翊鈞繼續道：“現在拿徐家作伐子，因為影響力大！從兩河一直到江南，誰家地最大？誰家影響力最大？只要把這只猴殺了，其他的斗雞還敢叫嗎？都給朕變成鵪鶉，聽潘季馴擺布！”
朱翊鈞見張居正臉現苦笑，就緩和了口氣。又苦口婆心道：“老先生，朝廷去年賣了天下鹽田，得銀一千六百萬兩——其中三分之一還是朕的銀子。朕不是個昏君，若這些銀子用來修園子，十來年也就敗光了！如今用這一大筆銀子，在全國興修水利，就是要收統籌之效——否則年年打補丁，將伊于胡底？”
“朕去年沒啟用潘季馴，讓他全面調查時候就反復告誡，要‘大其心’，通盤考慮治淮、治河、治江事，不必考慮成本。估摸著他沒想到朝廷能拿出一千二百萬來治河罷？”張居正聽了，心說我也沒想到。
朱翊鈞講到此處，又有些激動：“全國大修水利，乃百年大計，凡是阻撓其事的，朕不介意殺個人頭滾滾。江南丑類，不過先打個前站！”