南京日報看似公允的立場，逐漸將雙方勝負之勢慢慢傾斜。而在報紙上開了專欄的王世貞，篇篇雄文如同匕首和投槍，最后終于把反對派在民間的輿論也打的潰不成軍。
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萬歷三年十月底，張居正主持大廷議，經過一番討論并報皇帝批準，朝廷終于出臺了海漕政策，而這政策將最后的反抗也打的無影無蹤：
朝廷議定，將每年漕運任務分成兩半。一半本色，一半折色。
自萬歷四年開始，將二百萬石本色分解成二十份，每份十萬石，發包給有意競標的海商；另外二百萬石，全部折色——一方面為將來的一條鞭法打基礎，另一方面促進貨幣流通。
海商若想做這份生意，每年繳納一千兩銀子保險金，防著遇到蛟龍——即所謂的龍卷風。這保險金朝廷不收，由海商自主成立保險委員會，自行定損發放，但需要接受戶部監管。
海商承運漕糧后，上船多少，下船也是多少，損耗自己承擔。如果遭遇了風暴，保險金不足賠付的，自己賠，賠不出來，就破產清算，同時把承運商的資格倒出來。
朝廷就做三件事，一是地方政府把漕糧收上來運到碼頭；二是朝廷設立部門接漕糧，檢驗質量并發放運費；三是命令俞大猷以登州為基地，組建海巡船隊，保護海運漕糧的安全。
這政策一出，天下凡是想洗白的大海商全都眼含熱淚，高喊這一屆皇帝好啊，皇恩浩蕩的沒邊了也！我們立即響應號召，拿出一半的走私船，干漕運！
他們為什么這么有積極性？原來江湖中傳言，只要能拿到漕運資格，將來就算朝廷大查走私，那還有一半兒的買賣能保住不是。雞蛋不放在一個籃子里的道理，這些海商比地主都懂。
如此，最后只有運河上下的萬余名官員把王宗沐恨到骨頭里——你他娘的一個總漕，居然把本單位給干黃了！王宗沐啊王宗沐，我們一起艸你八輩兒祖宗！
這邊剛罵完，朝廷關于他們的安置政策也到了，在戶部下面成立海漕運糧司，專門管理海漕事務。由王宗沐加銜戶部左侍郎兼管，同時從漕官中選擇干練之臣一百三十二名員，進京當京官去。
這下子這伙子人也分裂了，為了這一百來人的海漕運糧司空缺，互相舉報扯后腿，差點打出腦漿子。
令人啼笑皆非，而且萬萬想不到的是。朝廷改河漕為海漕，最后最遭罪的居然是都察院。一方面因為朝廷成立了“河漕改海專班”，又抽調戶部、兵部和督察院等部門干員，十幾個督察組進行確責、督辦并查歷年賬本和積案；
另一方面——據左都御史葛守禮大人退休之后在筆記中記錄，從萬歷三年一直到萬歷五年，督察院收到關于漕運官**的實名舉報信，就堆滿了兩個大書架——一直等他萬歷五年退休，擴了又擴的都察院連一半線索還沒查完。
而查貪查到手軟的都察院，抄家抄到腿軟的錦衣衛，最后對眾多被揪出來的犯官說的最多一句話就是：你們再等等啊，只要再等三個月，地方不就多了嗎？
他們的意思是指，到了萬歷三年年底，朝廷又在海漕運糧司下面，設置了京畿都漕運司，分了內外，內司在京，負責掌管通州到京師的陸運和倉廩的出納事務；
外司負責直沽向通州的轉運；同時海漕運糧司在湖廣、松江、蘇杭、福建、江西等地都設立了分支機構，負責地方漕糧轉運到碼頭的各項交接和監督事務——全加起來一千六七百個空缺，在原來的河漕部門找相對干凈的，居然沒湊全。