這一治河思路，原時空一直被貫徹的滿清末年。但在明代，有一個死結難以解開——高家堰加高，洪澤湖擴大加深，黃、淮河汛期到來時，會威脅到祖陵安全。因此，“束水攻沙”一直到明代滅亡，也始終是一個半吊子工程，黃淮河的泛濫還是多發。
朱翊鈞和張居正等閣臣反復商討，又請示了陳、李兩位太后，到最后也下不了動遷祖陵的決心。——現在真要這么干，政治阻力太大了，說動搖國本都不為過。
但不遷祖陵，“束水攻沙”的效果就大打折扣，大明朝始終就要在這兩條河流的威脅下茍延殘喘，大量的資源投入到救災補漏的惡性循環之中——這又是朱翊鈞所不能容忍的。
而且，因為本時空潘季馴調研的比較深入，在第二版報告中，還提出了“束水攻沙”這一策略的短板。由于“黃淮合流”這一根源問題沒有解決，且“黃強淮弱，黃高淮低”這一因素的作用，當汛期之時，淮河水道并不能全部容納下泄的洪水，會導致回水倒灌洪澤湖，將洪澤湖的清水口淤塞。
長此以往，一方面影響“束水攻沙”的效果，另一方面水流變緩后，徐州以下還會形成懸河。
潘季馴在第二個方案被皇帝否定之后，終于再次大其心，這次終于大的沒邊了——他居然想用一連串堤壩工程和開挖新河，單獨恢復黃河、淮河的入海通道！
具體思路是，先把黃河進入洪澤湖和原淮河的入水通道都截流，利用一連串的堤壩和舊河道，迫使黃河北上入海。然后以洪澤湖為樞紐，將淮河水放入舊河道，并截斷淮河和長江的聯系。
這一宏偉工程，將利用新開的加上以前的，共兩條河道交替使用，來徹底解決黃河的淤積問題。施工方案如下：
首先開通新河道，將奪淮的黃河引開北上。同時將高家堰加高、加寬，蓄積淮水，再從洪澤湖西南部出湖，利用黃河的舊河道入海，將舊河道刷出來。
當舊河道刷出來一部分后，截斷淮河進入長江的通道，將淮河水全部引入洪澤湖，擴寬洪澤湖西南清水口，加大刷河力度。
當黃河新河道二三十年后逐漸淤積時，將關閉黃河河閘，新修堤壩，將黃河導入洪澤湖，引入已經沖刷完成的淮河（老黃河）之中；同時再打開洪澤湖東北部大水閘或直接破開堤壩，用新修的堤壩將進入洪澤湖的淮水導入“新黃河”中，沖刷已經淤積的新黃河。
如此交替利用兩條河道，一清一濁反復，一方面解決了黃淮河合流后，汛期洪水倒灌，洪澤湖清口的淤積問題；另一方面，交替使用兩條河道，使黃河淤積這一千古難題得到根本性的解決。最后，因為洪澤湖有了兩條出水口，將大大緩解祖陵的壓力。
這一方案唯一短板在于黃河入洪澤湖期間，將導致洪澤湖出現淤塞，樞紐失靈。但是潘季馴判斷，因為淮河位置較低，當再次重新改換河道后，洪澤湖內淤積的泥沙將被沖下去大部分，不會成為大患——為了百年之計，可在洪澤湖外留下一部分土地不予開發，充當泄洪區備用；也可在旱季進行洪澤湖的疏浚清淤工程，擴大庫容。
這個方案若能成功，將一箭多雕，同時滿足皇帝既保祖陵、又保運河，還保民生的要求。而且，利用這全國性的大工程及周邊的配套水利工程，將使常年受災的兩淮和黃河流域成為糧米之鄉——真正的功在千秋。
張居正當時看了潘季馴上交的第三份報告所耗費的錢糧、工役，猛吸涼氣，二話沒說，直接判第三份報告死刑。但朱翊鈞見之，心里大為驚喜。
新中國建國后，治理黃、淮河采用的方式和潘季馴第三方案只有一小部分類似，最大的區別是沒有徹底改變淮河仍為長江支流的狀態，而且也當時黃河也改道了，因此治理兩河均屬于單流域治理。——黃河的淤積問題，到了新世紀其實已經不用解決，因為黃河下游基本上快斷流了。
這一方案，后續效果將非常的鼓舞人心：一方面將三河聯動，一澇皆澇的水域狀態打破，利用黃、淮河單獨入海的方式，一次性解決黃淮河爭流問題和長江下游水量過大問題。此后，黃河、長江、淮河三條主要河流的防洪和治理以后就成為單流域問題。