第二方面，兩河利用洪澤湖及周邊連串湖泊作為樞紐，輪流使用“束水攻沙”治理黃河的方略，將使黃河淤積危害的問題得到有效控制。
第三方面，兩河齊出，洪澤湖蓄水壓力減小，也保了明祖陵——當然，要想一勞永逸，朱翊鈞打算，將來在時機成熟后還是要將祖陵遷走。
最后，這一核心工程加上配套的相關水利設施，將改變常年受災的黃淮地區濁浪滔天，泥沙俱下的景象，把整個淮河流域、黃河流域都變成魚米之鄉！雖不能一勞永逸，但至少將黃、淮河連年決口并影響長江下游的問題解決一大半——除了工程量大，沒別的毛病。
朱翊鈞判斷，這份方案雖然所動用的人力物力極其驚人，但是在此時確實有實現的可能：
新中國治理淮河時，淮河周邊已經大小城市密布，根本遷移不得，因此采用了上游建壩，下游分流的方法，主流還是注入長江。
但在本時空的此際，一者由于黃淮河的常年泛濫，黃淮平原一直到蘇北地區一直沒有形成大規模的聚居城鎮，大部分地區都是沼澤和田地，移民壓力不是很恐怖，在承受范圍之內；
二者朝廷現在有一大筆錢，可以啟動這項工程；
三者大規模開發東北將形成一個人口壓力降低的短暫窗口期，等東北開發成熟了，人口壓力還會上行增大，那時候移民將更加困難。
因此，朱翊鈞在通盤考慮了潘季馴的第三方案后，覺得這次黃故道的修復，很可能是改變中華民族常年水患的一次千載難逢的機會！
再說，張居正不敢想的事情，朱翊鈞作為穿越者，還不敢想一想？
萬歷二年年底，潘季馴結束了全國各流域的考察，到京師述職。在朱翊鈞主導下，秉承著邊施工邊完善方案的原則，在萬歷三年先進行準備工程。
因此，這第三方案一直秘而不宣，萬歷三年全國干的的熱火朝天的，其實是第二、第三方案都要干的初期工程和農田水利基礎工程。
直到河漕改海時潘季馴被攻擊時，朝廷才公布出來一部分，主要是加高、加寬高家堰工程——尚不足第三方案總工程量的十分之一。
即便如此，也把集火潘季馴的反海運派壓制到無語。
本時空的萬歷三年年底，隨著河漕改海在朝野上下達成共識，加上黃河在今年的再次大泛濫，終于讓本時空的朝廷痛定思痛。朱翊鈞先說服內閣，后又推動朝廷通過了第三方案，擬第一期即投入一千二百萬兩白銀，并陸續追加到總金額三千萬兩，以二十年為期，完成全部以新黃河入海通道為核心的全流域治水工程！