后來他改革的決心比張居正還猛，且有報紙這降維打擊手段，為張居正承擔了一大半反對變法的火力，張居正“禁毀天下書院”的念頭也就沒那么迫切。
大變法之后，朝廷成立了教育部，一紙《私立學校許可管理辦法詔》將天下私立學院全部納入朝廷管理——這頒發許可證的手段比張居正原時空“禁毀天下書院”不知高明了多少倍，張老先生只有佩服朱翊鈞的份兒。
書院辦理過程納入朝廷管理之后，凡辦理書院者，都需要朝廷派駐變法培訓班培訓出來的學監，這些書院反而成為鼓吹變法的輿論高地。各種反理學的思潮伴隨著格物學的發展，如同風暴雷霆一般，把理學打的節節敗退。
而萬歷七年的白色恐怖，更是把理學的經濟基礎也打的元氣大傷。各地鄉紳就算不贊美變法，至少也要閉嘴不言——當時的皇帝太嚇人了。
......
屠隆和何心隱聊了幾句閑話，又問何心隱道：“夫山先生進京，可告訴別的朋友了嗎？”
何心隱笑道：“我此次路過南京時，與李贄李主編見了一面，吾二人相見恨晚也。”
“李贄說與我知，京師大學乃皇上欽定學風，號稱‘兼收并蓄，百花齊放’，而非太學般唯理學一門耳。因勸我謀一教職。你問我何意？可是有人打聽我來？”
屠隆聽了笑道：“今日大朝，副右都御史天臺先生找到我。他不知何故知道你在我這里，道是慕名久矣，要來見一面。因為不知你什么意思，故沒敢答應，只是說個活話在那里。”
何心隱聽天臺先生四個字，嘴角一撇，笑道：“這位越干官兒越大了，可惜是頂尖的偽君子......見過之后老夫還要洗眼睛，我見他做什么？”
屠隆聽了失笑道：“夫山公不厚道，天臺先生昔日與嚴嵩、高拱相交時，指斥其非，自有高風。崖岸高峻處也與俗人不同......”
何心隱也笑道：“前段時間我聽說御史周之翰彈劾吏部侍郎陸光祖，那奏章可是他簽發出去的。等皇上震怒，他又稱頌陸光祖賢明，奏劾周之翰，鬧了大笑話，可真？”
屠隆忍笑道：“是有這么回事。理學么。”
何心隱撫掌笑道：“好一個‘理學么’，哈哈！”
二人所說的天臺先生，是指理學名家耿定向，其人理學造詣頗深，時人俱以之為儒教名家，此際任都察院右副都御史。何心隱的思想觀點與之水火不容，這兩年沒少在南京日報上打嘴仗。
笑了一陣，何心隱問道：“李贄說此次京師大學教授遴選，不以科場論英雄，地方舉薦之后，由皇上在西苑瀛臺親自面試，可真？”
屠隆道：“正是。今日早朝時我問過了。夫山先生可在舉薦名單上？”
何心隱道：“我哪里能有什么巡撫舉薦！不過李贄說我只管來，名單上必有我的，也不知真假。”
屠隆笑道：“卓吾先生何等樣人，焉能誑你。”說罷小聲道：“此簡在帝心，布衣卿相也。這兩年的社論，時常引導輿論而利變法，是這個——”說完豎起大拇指在胸前，表示李卓吾在皇帝心中很牛。