一切的改變發生在萬歷二年，當年朱翊鈞在京師故紙堆里翻出了鄭和下西洋時期的全套海船圖紙和資料。他隨即派出中官，在龍江船廠等地官辦船廠督造新船，重點是利用訂單培訓工匠。
盡管朱翊鈞高度重視，但能夠造大型艦船的船工早已老死殆盡，大明造船經驗嚴重不足。而且寶船雖大，但船速已經跟不上葡萄牙軍艦航速——差距大概在一倍左右，也不符合朱翊鈞要求。
因此，盡管當時負責督造的中官以各種手段從私營船廠中爭奪些“耆民”，也鬧了些風波，但能夠達到八節航速的船制造起來難度還是極大。
朱翊鈞咬牙堅持投入，一直到萬歷五年俞大猷接手時，試制出來符合要求的大船不過二十余艘，其中最大的排水量不過五百噸。即便如此，在時人眼中，已經屬于“巨艦”級別。
船有了，更重要的是培訓海軍，俞大猷受命所做的，即是培訓海軍，并摸索戰法。從萬歷四年河漕改海開始，俞大猷就在朱翊鈞支持下籌建海軍。因其武將身份，朱翊鈞恐其不能服眾，當時加其后軍都督府僉書，兼海漕護軍總兵，指揮所設在登州。
俞大猷雖然打過海戰，但對手多數是倭寇的小船。這些年他和朱翊鈞書信往來，朱翊鈞盡其所能的結合新船提出些新想法，都需要俞大猷在海上演練并總結經驗教訓。
隆慶五年的時候，歐洲聯合艦隊和土耳其艦隊發生的勒潘多海戰大規模使用了放置在船艏的火炮，取得了驚人的戰果。
勒潘多海戰之后，只有英國的軍艦一條道走到黑，開始研究舷側火炮進行不接觸作戰。包括西班牙無敵艦隊在內，全世界的戰艦在火器的使用上仍局限船艏火炮，其余船員用火蒺藜和火繩槍，撞角和接舷戰仍然是海戰的主流。
幸運的是，本時空的大明有了穿越者。更加幸運的是，戚繼光在嘉靖三十九年的時候，曾經組織發明了艦炮反后座裝置，并將小型火炮應用在戚家軍的海船之上。
當戚繼光將艦炮反后坐裝置報給朱翊鈞的時候，朱翊鈞的眼睛濕潤了。盡管本時空戚繼光已經得到了靖海伯的封爵，但朱翊鈞知道自己給的遠遠不夠——僅以戚繼光的此項發明來說，就價值一個侯爵。[注2]
有了穿越者點破新的戰術思想，又有了解決火炮反后坐的裝置，“風帆戰列艦”以及相應的戰法的誕生就水到渠成。而萬歷九年羅馬使團的到來，讓大明的海軍徹底插上了騰飛的翅膀——已經恢復了五六成手藝的大明船工，在學習了新型蓋倫軟帆船的制造技能后，大明的軍艦也終于補上了最后一塊短板。
此次凌云翼帶著俞大猷到大沽，就是接收第一艘新型海軍主力艦伏波號。這艘細長而又漂亮的三桅大帆船龍骨是船寬的三倍半，船艏又尖又長，前帆和主桅桿上面的主帆一樣大，而且后桅桿上采用了三角帆。
應該指出的是，三角帆的概念是朱翊鈞提出來的，經過驗證在大明新型艦船上被廣泛采用。實際上，后世的非專業人士對歐洲時代的大帆船大多來自《加勒比海盜》：遠遠探出船艏的斜桅和吃滿風三角帆。除此之外，朱翊鈞知道的和俞大猷一樣多。
但皇帝畢竟有他的看家手段——皇家格物院。格物院成立后，對于帆船理論研究也被提上了日程。他們研究的成果有三個：一是在船帆上增加了“帆骨”，使得此際大明艦船兼有硬帆和軟帆的優點。另外一個成果是在桅桿上增加了多個桁架，把大船帆切成小塊，這樣在逆風的時候，經過復雜的操控，帆船仍舊可以保持一定的速度。
最重要的是，經過刻苦鉆研，大明格物院終于將船舵放在了前甲板——變成了輪舵，并在羅馬教廷帶來的蓋倫帆船制造技術中，找到了克服了大明福船船舵巨大這一缺點的制造工藝。
經過長時間的努力，伏波號終于定型，并將在大沽、臨清、龍江等十個船廠同時開工建造。而第一艘試驗艦和訓練艦，將作為大明海軍到日本宣旨的旗艦。
凌云翼——樞密副使兼海軍都督，將率領大明粗具規模的第一個艦隊，到日本傳達皇帝對日本國王譫稱天皇的憤怒。而在此之前，他要把俞大猷在武學中說研究的“風帆戰列艦作戰方法”全數掌握。