張浚派呼延通為先鋒攻擊杭州，苗劉帶著叛軍奮力抵抗，不過此時城內突然沖出一支人馬，為首正是一位雙刀頭陀，此人猶如猛虎下山一樣沖了上來一下子就將叛軍殺得死傷無數，他們猛地沖了上去打開了杭州的北城。
呼延通見過武松，當時也不再猶豫，二話不說帶著人就沖進了杭州城內。
苗、劉一看事情已經不可為，他們二人率精銳兩千人，拿著趙構所敕賜鐵券逃出杭州，同時命令手下縱火阻擋追兵，但天降大雨，火不起。
勤王軍劉光世、張浚、呼延通、張俊、呂頤浩等入城，趙構握住先鋒呼延通的手痛哭，并請求他除掉私通叛軍，看守宮門的吳湛。
呼延通隨即上前，裝作要和吳湛談話，折其中指將他逮捕，詔斬于市。
趙構也下詔表示只追究苗傅、劉正彥、王鈞甫、馬柔吉、張逵等的責任，其他軍官士兵皆不追究，于是赤心軍背叛苗傅。
王鈞甫想率軍投降，戴罪立功；但其部下張翼等人斬了王鈞甫、馬柔吉投降。王世修則是接受審判后斬于市。
張浚和張俊，劉光世保護著趙構復辟，呼延通則率領著手下的大軍，前去捉拿逃跑的苗傅和劉正彥。
苗傅、劉正彥兩人率軍逃亡，侵犯許多郡縣。劉正彥在浦城乘勝追擊官軍時被呼延通擒獲，苗翊為部下所擒來獻，張逵率殘兵敗降遁入崇安，也被呼延通派軍追而殺之。
苗傅則變更姓名，在逃亡建陽時被發現，押送至呼延通處。于是呼延通宣布班師，俘苗傅、劉正彥、苗翊三人以獻，兩人在建康被磔棄市。劉正彥在行刑時還大罵苗傅不用自己的計策，因而失敗
趙構封賞平亂功臣。升呂頤浩為尚書右仆射；升李邴為尚書右丞；封張俊為節度使。七月，改任御前右軍都統制。升劉光世為升為太尉、御營副使，所部即稱御營副使軍。后任江東宣撫使，守太平州、池州，移守江州。封呼延通為承宣使，御營后軍都統制。
張浚則自請回川陜一帶防守，不過趙構沒有同意，升檢校少保、定**節度，后加封知樞密院事。
另外，趙構追贈王淵開府儀同三司，追康履“榮節”謚號。呼延通和韓世忠因在卑微時曾受王淵賞識，此時知恩圖報安葬了王淵。
這次兵變，是南宋抗金斗爭的一個轉折點。兵變打擊了主張和支持皇帝南逃的投降派勢力。它表明妥協逃跑不得人心，標志著人民抗金力量的興起。
兵變促使南宋政權進行政治整頓。趙構后來就著手整頓、制訂一些必要的制度和措施。