崔伯余目露殺機，道：“佛宗依附國主，交好高門，囤積田地，收納逃民，吸食大魏的血肉太多年了，不滅佛，早晚會被楚國擊敗。我們不能等了，必須借這次的機會讓主上徹底厭惡佛宗，疏遠靈智，再將你推到國師的位置，尊道門為國教，取代佛宗。”
康靜勸道：“主上對靈智已有諸多不滿，我們只要順勢而為，要不了幾年，我有把握讓道門完全凌駕于佛宗之上，何苦用這么冒險激進的手段？若是暴露，我們苦心孤詣，全將付之東流……”
崔伯余臉色陰郁，沉聲道：“我昨日陛見，發現主上的頭發又白了大片，誰知道還能熬幾年？太子以靈智為師，篤信佛法，一旦登基，我們怎么和靈智去爭？二皇子現在還不成氣候，無力和太子爭鋒，玄真，當斷不斷，痛悔莫及啊！”
康靜默然良久，嘆道：“好吧，你說的對，靈秀那邊安排的如何？”
崔伯余冷笑道：“靈秀和靈智是同輩，都曾隨曇讖修行，后經靈智的大力舉薦，成為正始寺的方丈，但和靈智不同，靈秀是個十足的蠢材，脾性暴躁，自詡慈悲，最見不得僧人受凌虐之苦，只要略作挑撥，必會率眾發難，把靈智拖下水……”
果不其然，沒過兩日，靈秀聽信他人之言，以為元氏已失卻民心，只要登高一呼，就會萬眾響應，便糾集了五六百名弟子和信眾，拿著刀槍劍戟棍棒，浩浩蕩蕩的沖出正始寺，喊著斬妖除魔的口號，準備攻打皇城，結果只行了三里路，被聞訊趕來的禁衛軍重重包圍。
烏合之眾對陣百戰精兵，簡直是單方面的屠殺，只半刻鐘，靈秀所部死傷殆盡，只有靈秀武功高強，還在頑抗。
靈智匆匆趕來，親自出手，擒住了靈秀，廢了他的氣海，交給侯官曹，自己往皇城面圣請罪。
他恨不得殺了靈秀，可現在靈秀絕不能死，更不能死在他的手里，一死，就再也說不清楚了。（這是真實歷史里北魏曾發生過的法秀起義）
元瑜盛怒，氣得手腳發顫，就在他眼皮子底下，就在蘭京平城，竟然發生了一寺方丈聚眾六七百人就敢起事造反的奇聞。
這不是打他的臉，而是把列祖列宗的臉都給打了！
先是賀旸被大乘教刺殺，接著就是靈秀造反，元瑜對佛宗的厭惡逐漸升至了極點，又有崔伯余在旁進言，終于對佛宗進行了嚴苛的限制和懲罰。
首先，勒令三十歲以下的佛門弟子全部還俗，由此控制沙門無止境的擴充僧人數量；其次，王公以下至庶民，不許私養沙門，凡家中豢養沙門的，限期送至官府，過期膽敢藏匿，一經抓獲，沙門身死，主人門誅。由此斬斷了沙門勾結貴戚、扎根民眾的途徑；還有，朝廷成立沙門統，綰攝僧徒，把所有為了逃避賦稅勞役而依附于沙門的農戶編成僧祇戶，同樣繳納賦稅，服調勞役，如果遇到戰事，還可征召為兵戶。由此掐住了沙門的錢財來源。
諸如此類，佛宗受到了前所未有的重擊，靈智靠著太子元瀧的保護，暫時得以無恙，主要還是靈秀造反的過程近似兒戲和無腦，元瑜也不信和靈智有關，但他被逼得只能在永寧寺修行，輕易不得外出，更別說參贊朝政。
然而，這并不是結局。
這天夜里，元沐蘭、鸞鳥、崔伯余和康靜同時進宮，元瑜嚇了一跳，還以為有什么大事，趕緊披衣接見。
鸞鳥道：“陛下，經我仔細查證，刺殺賀旸的人，應該就在平城。”