回到京師之后，司馬珂便向司馬衍提出辭讓都督中央軍事一職。不再統領王室六軍、五營校尉和城外諸軍。
對于司馬珂來說，王室六軍和五營校尉都是世兵，大多數軍士都只是把當兵作為一個飯碗，并沒有多少戰斗力和士氣。雖然經過兩年的訓練，戰斗力略有上升，但是依舊積重難返。
最重要的是，如今他都督六州軍事，馬上要接手京口之兵，如果不交出中央軍事，難免會讓人浮想聯翩，引發各種猜測。對他來說，掌管好各兵鎮之兵，為將來的西征和北伐做好準備，才是頭等大事。中央軍此時反而成了燙山芋，今早丟掉為好。
司馬衍自然也明白這個道理，兩次拒絕了司馬珂的奏請之后，在司馬珂的再三堅持之下，終究是同意了。
王室六軍，關系到皇宮的安危，所以中護軍一職司馬衍還是執意要由宗室統領，便由車騎將軍司馬沖所兼領。
由于中領軍紀睦被司馬珂調到了荊州，中領軍空缺，改由右衛將軍褚裒所擔任。城外守軍依舊由周謨所領。
而天策軍和羽林騎，均為司馬珂所建，司馬珂請將此兩軍移鎮京口，以做將來北伐之兵，亦得到了司馬衍的同意。
在司馬珂解除都督中央軍事之職后，便立即讓郗鑒在京口買了一處宅子，作為府邸。同時天策軍和羽林騎也分別告別了原來的樂游苑和南苑大營，由郗鑒在京口另辟一處大營作為兩軍所用。
自司馬珂移鎮京口之后沒多久，郗鑒便奏請朝廷乞骸骨，請辭太尉之職，解都督中外軍事，解都督都督晉陵郡、吳郡諸軍事。雖然這一切都在計劃之中，但是司馬衍只批準了郗鑒請辭之職，但是并未批準其乞骸骨，而是改拜郗鑒為太傅，目的是讓郗鑒風光的到七十歲再致仕。太傅之職不常設，更在三公之上，稱為上公，也算是極盡榮耀。
郗鑒推讓再三，最終接受太傅之職。為了投桃報李，郗鑒走得也極其干脆利落，彰顯其高風亮節。
郗鑒走時，辟原太尉府長史劉遐為太傅府長史，薦舉北中郎將李閎為右衛將軍，薦舉自己的侄子郗邁為尚書郎，兩個兒子則為太傅府掾屬，同時辟王羲之也為太傅府掾屬，一家人齊聚建康，也算是其樂融融。
這樣一來，幾個對司馬珂不是很感冒的主要將領全部被郗鑒帶入京師，只留下對司馬珂印象極佳的督護夏侯長，來協助司馬珂順利接手京口之兵。郗鑒此舉，既為司馬珂掃清了接手京口的障礙，同時也算是對李閎、劉遐和郗鑒的子侄們的一種保護。
對于郗鑒的高風亮節，司馬珂自然十分感激。在郗鑒臨別之際，司馬珂發動了數萬人歡送，并親自率兵千人，護送到三十里之外。
對于郗鑒來說，人生到此地步，已算是功德圓滿了。
…………
送走郗鑒之后，司馬珂開始對京口之兵進行大整頓。
他將北府兵分為三軍，分別為北府神策軍、北府虎衛軍、北府驍烈軍，每軍皆一萬戰兵，三千輔兵。
薦舉桓溫為廣威將軍，任命顧會為司馬，統領北府神策軍。
薦舉謝尚為廣武將軍，任命張澄為司馬，統領北府驍烈軍。
薦舉夏侯長為揚威將軍，任命朱燾為司馬，統領北府虎衛軍。
同時以紀敏為天策軍督護，虞嘯父為天策軍司馬。
又任命李顏為衛將軍府主簿，協助自己處理后勤和文書事宜。