醫學中專現在分為傳統醫學和新式醫學，這里沒有西醫的概念。新式醫學經歷了兩年的發展已經能實施一些簡單的外科手術工作了，因為礦場、河南修堤壩都是高風險作業，時常會發生一些事故，本著死馬當活馬醫的態度，新式醫學有了實際練手的機會，雖然在動物和死人尸體上動過手術，但畢竟還是有差異。
對于從事新式醫學的大夫，秦睿的態度和要求就是積極實踐，總結經驗；對于傳統醫學的大夫，秦睿則提出了“去蕪存菁，推陳出新”的口號，利用自己超前的見識，將一些基礎的聽診器、顯微鏡、消毒藥水、生理鹽水、青霉素、青蒿素、細菌概念等引入到現有體系。去年夏天，秦睿的青蒿素終于找到實驗對象了，并且取得了很好的效果，這讓秦睿很好高興。瘧疾這一重大課題算是有了結果。
至于醫學能發展到什么程度，秦睿也管不到了，扶上馬送一程，給一些建議和意見，這就是秦睿的態度。
秦睿在化學院列出了幾十個課題，然后跟學生們從理論上講解了實驗方法，然后讓他們自由組團，開始進行實驗。主要方向是硅酸鹽、乙炔、石油（猛火油）、溴化銀。溴化銀是秦睿的執念，為了記錄秦宓和秦晧成長，他想把照相機給搞出來。
秦睿再次叮囑了化學實驗的注意事項和安全內容后，自己帶著小白、小蝶、吳二、魏濤等人出發去了北京，一路上小心翼翼的押送著1800支步槍、100支左輪、50萬發子彈和幾千發手榴彈、地雷，秦睿決定去搞大事。
到達北京后，秦睿先將朱厚照叫了出來，讓他親自出面，將步槍、子彈、手榴彈、地雷送到了何剛的千戶所，自己到千戶所利用自己有限的軍事知識，進行現場教學指導工作。
手槍則被送進大內，開始裝備弘治皇帝的禁衛軍，當然從心腹開始，朱厚照自己留了20支，準備練練手。跟隨手槍送入大內的還有秦睿的一封信，請求將何剛千戶擴充成獨立團，并派出一支小隊到草原上溜達溜達，為大明軍校建設和軍制改革做準備。
弘治皇帝看到信后大為驚訝，在新年之前，秦睿將《大明軍事學院建設的建議與綱要》送到弘治皇帝御前，弘治皇帝讀后與五軍都督府的主要負責人進行了數次討論，才達成共識。現在秦睿居然提出軍制改革，這不是又準備捅馬蜂窩。
因為建設軍事學院這是等于刨了勛貴們的祖墳，動了軍隊將領的蛋糕，朱元璋當年定下軍戶制之后，勛貴是世襲的，軍隊的指揮使、指揮同知、指揮僉事、衛鎮撫、正千戶、副千戶、百戶、試百戶、所鎮撫九級職位也是世襲的，父死子繼，兄終弟及。
建設軍校，以后所有的軍官都是從軍校里面出來，就將父死子繼、兄終弟及的傳統給取消了，都是既得利益群體，吃空餉、喝兵血、士兵私有化這些好處，怎么能輕易放棄。
弘治皇帝如果敢動這群人的利益，當天晚上就會領盒飯，護衛紫禁城安全的核心力量，就是這群勛貴和世襲的子弟，隨便漏一兩個賊人進來，就能滅了弘治皇帝。弘治沒有明太祖朱元璋和明成祖朱棣那樣的威望，還達不到一言以決之的權威，最后以勛貴、世襲子弟輪崗培訓，雙方才達成一致，違背了秦睿建設軍校的初衷。
秦睿被緊急招入紫禁城，在暖閣內和弘治皇帝密議了很久，沒有人知道兩人說了什么。
皇帝想要建立軍校，培訓五軍都督府的大明武官，增強大明武官在朝廷的地位，這個消息不知道從哪里泄露了出去，在北京城中慢慢的流傳開來。
自從土木堡之變大明武將集團損失殆盡，以文官體系順勢將手插進了軍隊之后，從此文武失衡，武將再也抬不起頭，文官一家獨大。要問土木堡之變誰最收益？絕對不是抓走朱祁鎮的瓦剌，最大的受益者就是當時的文官集團。有史學家曾經猜測，土木堡之變就是大明文官集團利用瓦刺發動的一場政變，目的是摧毀武勛集團，在糧草供應上動了手腳，并將皇帝行軍路線泄露給瓦剌，才導致土木堡朱祁鎮被瓦剌俘虜。
土木堡之后，文官集團不斷利用各種機會削弱五軍都督府的權力，增強兵部對軍隊的掌控力度。因為兵部在內閣管理之下，是被文官集團所掌控。而五軍都督府在管理上是直屬皇帝的，文官集團勢力插不進去。弘治皇帝準備建立軍校培養武官，這是另起爐灶來跟文官集團奪權啊。
自古以來朝廷之中，君權與相權、軍權三方互相傾軋，為權力而爭斗不絕。
君權就是皇權受命于天，代天牧民，神圣不可侵犯。歷朝歷代皇帝對刻有“受命于天，既壽永昌”的傳國玉璽，為什么孜孜以求？因為秦始皇的這枚玉璽，是皇帝作為“皇權天授、正統合法”的信物。
所謂相權就是文官治理體系，“與士大夫共治天下”的大宋就是一個例子，這是文官集團從秦朝之后一直希望達成的狀態，皇帝就是一個符號，皇權被壓制到虛君思想，文官集團才是主導國家的力量，大家該貪的貪，該腐的腐，皇帝想動文官還得顧忌。
至于軍權，就是地方將領掌握軍隊能力。
皇帝希望自己居中平衡文武相互牽制，文官希望共治天下、武將希望掌握更多軍權，除了極個別有威望的皇帝外，例如唐太宗、明太祖，很少有皇帝能夠壓制住兩個系統，因此三方的斗爭從未間斷。封建社會中為什么會出現很多臭名昭著的太監，那是因為皇帝被文官系統禁錮在深宮之內，皇權被蔑視，只能放出宦官集團跟文官爭斗、監控武將。
土木堡之后飽讀詩書的文官們，拼死命篡取權力，為的就是給文官集團最大的安全感，防止大明再出一個朱元璋和朱棣，剝皮實草太恐怖了。
幾日后，有御史上奏京營之中將領貪財，士卒惜命，吃空餉嚴重，腐敗深入骨髓、觸目驚心，請皇帝下令整飭軍務，弘治皇帝未置可否，留中不發。看到弘治皇帝沒有反應，御史又在朝會之上提出，文官集團立馬抱團，集體攻擊以武勛為首的武官集團。
弘治皇帝迫于無奈表示，目前整編軍隊，置換將領會導致軍隊人心渙散、離心離德，而九邊之地達延汗挑釁頻繁，朝廷此時不宜妄動，之后軍校的建設暫時停止了。
弘治皇帝將五軍都督府的軍方大佬們又叫到了謹身殿的暖閣中，詢問是誰將建立軍校的消息透露了出去，導致文官集團如此喪心病狂的反撲。軍方大佬也感到奇怪，為什么消息會傳出去，而且建立軍校演變成了文武之爭，大家都一籌莫展。
太子朱厚照提出了一個折中的辦法，將自己管理的千戶所從神機營中分離出來，成立獨立營，以何剛管理的千戶所為骨干，以增強抵御達延汗挑釁為借口，從京城所有衛所挑選1萬名16-22歲的優秀兵源組建，然后融合部分武勛子弟進去，建立一支全新的新式槍械隊伍，這樣既可以達到練兵練將的目的，又可以繞過建立軍校的靶子。