萬歷覺得張居正對此事應該還有話說，于是先叫楊俊卿退下，在殿外等候旨意。
楊俊卿退下之后，萬歷對張居正說道：“張先生，起來說話吧。”
“如今九邊局勢穩定，李成梁總兵遼東，屢立戰功。若此時換將，臣唯恐引發遼東局勢動蕩，搜查李府一事還望皇上三思。”
張居正并沒有起身，依然跪拜在地回奏。張居正的話說的很明確，如果要搜查李府，不管結果如何，肯定要先把李成梁從現在的位置上拿下來。此時張居正的施政方針是維持九邊穩定，減少不必要的軍事開支，先集中精力解決內政財政問題。
“如今承平日久，武備廢馳，武將受制與文吏，能保持鋒銳之氣，臨敵敢戰忠勇之將官不多矣。還望皇上給予他們信任。”
張居正再一次把當前武將受制于文官的尷尬處境提了出來。如果今天萬歷因為這件事下旨搜查了李府，那些早已看不慣李成梁的言官文官們，肯定會惡狠狠的撲過來咬上一口。借題發揮、上綱上線可是他們的拿手好戲。一員敢于進攻善于征戰的武將，可能就會因為此事而廢了。
“先生快快請起。朕知道先生所說，皆是發自肺腑的深謀遠慮之言。據楊俊卿所奏，此事應該是酒后胡鬧，朕也覺得不必大動干戈。”
萬歷說走到張居正身邊將他扶了起來，然后接著說道。
“正如先生所言，如今武備廢馳，文貴武踐。衛所之兵已經不勘驅使，能征善戰之將不多。現在的忠勇之將總有一天也會老去，那以后大明靠誰來戰呢？”
張居正自己就是世襲軍戶出身，朝廷里的很多官員也都是軍戶出身考取的進士。他們難道就看不到當前大明軍制現在所曝露出來的種種弊端？可是除了上上奏疏指出一些面上的問題。根子上的問題，誰也不愿提，誰也不敢提。
軍制的改變，涉及勛貴利益、世襲軍官利益、文武相制的平衡，這里面的水太深了，誰也不愿意在這個問題上深究。
“彰武伯過幾天會上奏疏、打算編練一個新的車營，驗證新的裝備和戰法。車營人員編制、軍餉開支，不走兵部，皆由內庫撥付。先生您怎么看？”
萬歷見張居正對開始的問題保持沉默，于是接著問道。
“臣認為，可行。”張居正答到。
張居正心里很明白，皇上說這番話的意思是，這個計劃早已經和彰武伯那幫勛貴達成了默契，而且這個車營要繞開兵部另起爐灶。剛剛皇上才對自己關于這個事件的處理意見表示支持，那現在自己能反對皇上的這個計劃嗎？
“另外，在邊關沒有什么警訊的時候，把戚繼光、李成梁、劉顯......這些征戰的將軍們都輪流叫到京里來述職。朕也要見見他們，讓他們也給朕上上課。”