此外就是信仰上的混亂加劇了思想上的分裂。蒙古各部原先信奉的是薩滿教長生天，鐵木真時期全真道長丘處機七十四歲高齡遠赴西域勸說止殺為善，也造就了早期道教在元朝占據主導地位的全盛時期。
乃真后信奉佛教，隨后引發佛道辯經，得勝的佛教成為蒙元主流，一度甚迫使得道之人改信佛教，并焚燒道教經典。而后佛教引發紅黃教爭，又將高層牽扯進教派沖突當中。思想極其的混亂，使得汗位爭斗往往牽扯上教派爭斗。
大量中亞和阿拉伯人又帶進來教，景教、拜火教、東正教、猶太教、摩尼教、濕婆教都大量傳播，教派管理卻是一片混亂。元朝中央一直猶猶豫豫，時而給與合法地位甚至封賞，時而堅
決打壓消滅。特別是儒家也被元朝政府視為宗教，管理模式參考佛教。孔子的地位上升了，但儒生地位大大下降。
蒙元因為采用怯薛入朝和官吏互通的選官制度，官員大多數沒有接受傳統儒家教育，思想上很難有所覺悟。漢地所有的天下為公一類思想在官員中并沒有多少影響力，間接造成官員素質的下降。而儒家致仕之途斷開，大量人才囤積在地方豪強當中，又間接造成人才流失，地方勢力做大等諸多弊端。
所以趙昺以為當下蒙元在面臨滅國之危，社會矛盾激化，導致朝廷與地方的離心力滋長，本就勢衰的中央集權再度遭到削弱，各地域的獨立性也隨之突出出來，而地理上的離心力也開始凸顯，從而使蒙元呈現出分裂的趨勢也就不奇怪了。
中國的版圖恰恰由于地形地勢的緣故，東、南二面都是浩瀚的海洋，西南、西北都是險峻的山脈，北面是大漠。地理環境相對封閉，相對獨立，自成一統。另一方面，中國境內的山河分布縱橫交錯，又形成了一個個相對獨立的小區域，各地域之間地理環境、生產生活方式、民族、文化、社會風俗等諸方面的差異很大。
所以在各區域之間，既存在促進彼此聯系的有利條件，也有將彼此相對隔絕的天然屏障。導致中國歷史上東西之爭和南北之爭向來是中國歷史上的兩個突出的現象。東西相爭，必有一條縱貫南北的軸線作為雙方爭奪的前沿地帶；南北對峙，則必有一條縱貫東西的軸線作為雙方對抗的前沿地帶。
東西之爭的中間軸線大致是中國地勢的第二級階梯東部邊緣地帶；南北之爭的中間軸線是淮河至漢水上游一線。以洛陽為中心的中原腹地是東西之爭的中間軸線與南北之爭的中間軸線的交匯地帶。因而無論是東西之爭還是南北之爭，中原都是雙方爭奪的一個交匯之處。
地理形勢如此，也就造成中原四面均能受敵，可謂是四戰之地。所以紛亂之初，中原注定是一個四方交爭之地，也是混亂、動蕩和種種不穩定因素的匯聚之地。