明朝建立后便利用西南地區的土司來征剿生苗、鎮守苗疆。而為了防范牽制土司，又在各個土司轄地周邊，設立密集的衛所、軍屯，形成犬牙交錯、相互遏制的局面。但到了明末，西南各衛所衰敗廢弛，明朝不得不大量征召土司轄下的土兵，以填補衛所虛空。可想而知，靠征用土司土兵來維持苗疆穩定，只會使土司挾苗自重，尾大不掉。
到了后來為了專注于抵擋來自北方的威脅，明朝只得徹底放棄征服苗疆的打算，竟然想到用一道邊墻，干脆把墻外的生苗隔離在外。于是在遠在長江以南的湖南西部地區，修起了一道南起湖南、貴州邊界的亭子關，北至湘西州古丈縣境內的喜鵲營，途經鳳凰、吉首兩大湘西重鎮，全長三百八十余里，縱貫整個湘西地區的長城。可見明朝的統治者是多么無奈，實現統制又有多難。
到了清朝，位于湘黔邊界，包括黔東南和湘西在內的苗疆，成為西南地區最后一片不受官府管轄的生界。歷代皇帝也是操碎了心，采用佂撫并舉，兩手都要硬的措施展開了征服。
雍正時，苗疆大員張廣泗曾建議為學習漢文、參與科考的苗人學童特批生員名額，以示獎勵。乾隆時則有明文規定不許生苗參加考試，以示對熟苗的優待。而應試的熟苗，須注明新民籍，既與漢人考生區別，又方便錄取時的照顧。
同時，清廷還松弛前代在苗疆地區的禁令，允許生苗在官府登記、領取證件執照的前提下，與漢人、熟苗之間進行適當的貿易乃至通婚。不僅如此，只要不涉及造反，還允許苗疆苗人案件以苗例自行解決，哪怕是命盜等刑事案件，也不妨稍予寬容。
在明時政府為了加強對土司轄區行政干預，不斷以土司無后嗣或觸犯國法為理由，廢除當地的土司官員，改派來自中央的非世襲官員流官繼任，這一加強中央集權的做法發展到清朝，為了解決土司割據的威脅，終于演變成了大規模的改土歸流。
在鄂爾泰的主持下，清政府首先在云貴地區展開了大規模的改土歸流，以“計擒為上，兵剿為下”為策略，在爭取土司自愿交出領地的同時，對土司中敢于頑固抗拒者，以武力消滅。而對主動配合改流的土司，朝廷多授予現任武職或其他世襲官職以示優待。對原來土司的領地，除重新設置府縣外，還增設軍事機構，清查戶口，丈量土地以便于管理。
改土歸流讓盛行于元、明、清三朝的土司制度土崩瓦解，但部分流官到任后，因不善治理，驟然加稅，貪贓枉法等原因，反而激化了同當地民眾的矛盾。讓多地土司揭竿而起，康、雍、乾三代，苗疆都未能擺脫三十年一小反，六十年一大反的所謂苗患。
尤其是乾隆末年的苗民起義，清廷更是動用兩湖、兩廣、云貴川七省十八萬官兵，延續十余年才將其平息。而福康安、和琳二位乾隆朝重臣，都在征剿苗疆的軍中病歿。進入嘉慶朝后，修筑長城將苗疆隔離，并嚴禁苗漢混雜，也成為清朝對苗疆不得已為之的最后辦法。
清朝將長城兩側的漢民苗民編入各自的軍屯，納入國家統一管理，使之成為寓兵于農，為國家屯田的佃戶。漢地和苗疆之間的交易，也在少數邊卡的嚴密監視下進行。而邊卡的任何進出，都必須辦理護照，否則按偷越邊境論處。