文化的差異使得漢回兩者之間在統制政策上有著根本性的區別。回法主張個人擁有財富，創造財富，諸回回官員將其運用于國家之上，導致了他們對“包稅制”、國家壟斷等可以“開利源”政策的偏好；而這恰好和儒家主張的民本和“藏富于民”的思想相背離，因此兩者在對中原漢地如何進行統治時發生了尖銳的沖突。
再者，在官員自身道德修養上，崇尚程朱理學的漢人儒士主張“修身治國平天下”而以修身為本，但是大部分回回理財官員往往是“亦官亦商”，以官為商，因此食利是他們最大的追求，故回回官員多貪贓枉法、恃寵邀權、黨群為奸，這也是造成漢人漢法派官員和回回法官員之間水火不容局面的一個原因。
此外有元一代的回漢沖突也是由于蒙古貴族的統治政策所決定的。蒙古人人數不及漢人的二十分之一，要完成對漢族地區的統治、保持自己的民族特點，蒙古人不僅需要漢族士大夫參與政權中，也需要用回回人來平衡漢人政治勢力，實施以回回人治漢地，而以漢人治回回地的統治理念卻貫穿了整個蒙元時代
進入六月后，江南也進入了一年雨水最多的時候，尤其的江浙地區暴雨接連不斷，江河湖水暴漲，雖沒有釀成大災，但也有幾處險工出現險情。趙昺一邊接連下旨詔令地方統計災情，發放賑糧，一邊令沿江駐軍停止對江北的襲擾，轉入協助地方抗險救災，同時派員到災區視察，督促救災工作。
趙昺也暫時放下手頭的事情，乘船沿運河視察防汛工作，指導救災工作，在六月底才回到臨安宮中，又忙著處理了些緊要的事情，才算喘了口氣。可讓他失望的是劉黻舉薦的陳普稱自己已經老邁，且學識淺薄，難以勝任陛下重托，婉拒了出任科學院學監的職務。
不過趙昺很快得知陳普其實并非不想重新出仕，其在劉黻的力邀下也興致勃勃的入京，但他卻沒有貿然答應，而是提出要先行考察一番再做定奪，劉黻答應方便，且派人陪同其參觀了大內匠作坊，軍器監所屬的工坊及處于籌建階段的科學院，當然騎兵旅的沼氣系統也是必游之地。
沒想到本來還頗為自信的陳普在參觀完畢后，態度便逐漸曖昧起來，臉上的傲氣也變成了喪氣。尤其是拜讀了小皇帝編撰的幾本有關算學的小冊子，驚為天人，自己鉆研了這么多年的問題，在這里只是最為普通的基礎知識，而得知這還只是陛下在十幾年前在崖山閑著無事的時候用于教導侍衛的時候，更是極為沮喪。
再想想在軍器監看到的水利機械設備，在船場看到的一艘艘設計精巧的戰船，巧奪天工的沼氣系統，而自己引以為豪的漏壺簡直就如同小孩子的玩具一般，陳普知道只要小皇帝愿意，就能造出比之更為精巧和準確的工具。讓他更為嘆服的是陛下小小年紀對于算學和自然、地理深厚理論功底，自己是拍馬不及。
再三思索后，陳普修書一封給劉黻，其中除了對于小皇帝學識的欽佩外，自己也做了深刻的反省，認為他已成井底之蛙，若是擔當此職才是誤人子弟，實不敢赴任，只能辜負陛下的重托。之后便帶著所能收集到相關陛下的著作不辭而別，悄然返鄉。
陳普這一走，算是又給趙昺出了個難題，自己也沒打算讓其搞研究，只是想找個內行來領導，可其卻覺得臉上無光，自慚形穢的溜了，連個談話的機會對沒留給自己，一切又都回到了從前。他想想，當前社會可能沒有人能比自己更精通了，而這些士人們又死要面子，尤其是在做學問上，干脆還是自己做吧
趙昺知道在當下官方研究算學主要運用于天文歷法的推演計算，這也算是學而致用，在宋代也不例外，算學往往與天文苑、司天監等機構融合起來。他琢磨了下，物理和化學及地理也大致能算在一個體系，于是他決定以司天監和科學院的預科班為基礎組建自然天文監，以此為依托進行科學研究，并將歸于內監管理，由他進行指導，同時下詔在天下征辟在這些領域有所長的能人異士，且不論出身和職業，只要有真本事就好