對于軍方來說，攻打馬尼拉的行動無異于一塊誘人的大蛋糕，從國防部到基層的部隊，凡是參與了此次行動的人員和集體，都能在戰爭結束之后或多或少地得到一些非常實惠的好處。國防部要的是執委會給予軍方更多的資源和軍費，以及政策上的傾斜；將領們要的是擴充手下部隊的編制，提升裝備水平和戰斗力；基層軍官們會得到升官發財的機會，普通士兵也會因為這次行動的最終勝利而獲得豐厚的作戰補貼。
不僅如此，在這場戰爭中為軍方輔助的各種單位，比如安全部、海運部、醫療衛生、民政部門等等，在戰后也都會得到相應的獎勵。新近拿下馬尼拉這么一處已經成型的殖民地，就意味著又有許多官職和崗位的空缺出現，這對很多人的職業生涯而言，都算是一個難得的升遷機會。
西班牙人在這里的經營比較粗放，總督府總攬全局，但下面的具體管理工作可就沒有海漢社會那么詳細的分工了，很多事情都是全部匯總到總督府由阿拉貢內斯一言而決。從某種程度上來說，他這個菲律賓總督可算是一個土皇帝了，統治權完全掌控在自己手中，日子可能要比國內的某些高官還過得更舒服一些。
不過這種統治方式的弊端也是顯而易見，各個領域的工作安排自然是混亂不堪，效率極低，以至于西班牙在這里統治了大半個世紀，也僅僅只是開發了馬尼拉城周邊百里的范圍，甚至都沒能在馬尼拉灣周邊地區建設起第二座城市，僅有一些千人規模的市鎮。就連甲米地港這種外國商人和移民聚集的貿易港區，常駐人口也不過才三四千人，遠遠比不了海漢在城市建設方面的進度和成就。
在海漢看來，西班牙人對馬尼拉灣及周邊地區的利用簡直就是暴殄天物，巴石河以北的平原在后世可是著名的產糧區，而西班牙人對這些地區的開發缺乏長期的規劃，完全就是任由移民自行操作，而極少有類似海漢種植園或是集體農場的操作模式。如果以海漢的模式，由農業部制定開發計劃，那這幾十年的時間足夠在當地開墾出數百平方公里的農田了。
按照海漢的設想，馬尼拉地區完全可以效仿三亞、高雄、石浦等地，在這里依托天然港灣建設一個海灣貿易區。只要附近區域的農業開發能夠跟上城市發展的速度，供應足夠養活城市人口的農產品，那么馬尼拉灣在一段時期之后成為幾十萬人居住的大殖民區也是指日可待。
如果以馬尼拉灣為中心，不但能夠讓海漢的海上影響力覆蓋整個菲律賓群島，而且可以串起浙江舟山定海港、臺灣島高雄港，呂宋島馬尼拉港這一條貫通南北的海上航線，為海漢下一步將海上疆域擴展到南方的加里曼丹島，班達海、、帝汶海、所羅門海等海域作準備。
這樣的長遠規劃，即便是西班牙這種海上強國也很難效仿，因為這必須要以掌握精確的海圖為基礎，而對于這個時代的航海家來說，茫茫無邊的大海中有太多的不可知地帶，要探索一片海域往往要花費數年甚至是數代人的時間。但對海漢航海家來說，掌握了海圖就等于下棋占了大大的先手，探索陌生海域所需花費的時間要比這個時代的同行縮短了太多。
當然了，紙面上的規劃要落實下來，所需做的工作仍然繁雜無比，要對馬尼拉灣的開發進程進行海漢式的改造，要在這里投入的管理人員涉及多個領域，所需從海南島等其他統治區抽調過來的人員至少數以百計。而這個調動工作，也不見得會比軍方為此次行動備戰時的大范圍調動輕松多少。
在執委會正式委任新的行政長官之前，軍方將代為行使這一區域的管理權。為此作戰指揮部也在戰后第五天搖身一變，成為了“馬尼拉地區臨管會”。