雖然以阿拉貢內斯為首的本地文武高官大部分已經落網，但海漢也不敢保證本地的民情就不會再出現反復，畢竟西班牙人在這里統治了好幾十年，對本地民眾而言海漢軍是毫無疑問的侵略者，也說不定還會有一些人存有武力反抗的意圖。所以雖然臨管會已經公開宣布戰爭告一段落，但依然在馬尼拉城內執行著嚴格的宵禁，以防有人暗中串聯生事。
而臨管會除了維持本地的治安之外，還有一項極為重要的任務便是分門別類地處理本地居民。生活馬尼拉城及周邊區域的民眾主要分為三類，一是從歐洲來到這里的西班牙移民及其后代，二是歸化并接受西班牙統治的本地土著和外來移民，三是外來的商人及家人隨從。
從海漢維持統治的角度來說，第三類人的比例不大，危險程度也比較小，在查明身份，確定其立場傾向于新統治者，或者至少保持中立之后，便可以恢復其自由，去留自選也不是問題。
第二類人相對比較復雜，但只要是愿意留下來歸化新統治者的民眾，海漢這邊都可以照單全收。至于想走的，按照海漢一貫的處理方式，那自然是得繳納一筆費用才能重獲自由，便是所謂的“買路錢”。
而第一類人不管是否對海漢采取了武力抵抗措施，幾乎都進行了羈押。在海漢看來，這些西班牙移民的反抗意愿是最高的，必須要控制起來，直至將這些人統統逐出國境。而且其中那些身份顯赫、有權有勢的本地官員、富商等大人物，那更是需要上繳一筆價值不菲的贖身費才能重獲自由。比如總督阿拉貢內斯所選擇的贖身費，就是跟海漢軍合作，將他所知的西班牙統治措施和民情數據和盤托出，這個代價不可謂不大了。
不管是屬于哪一類，出于各種原因而自愿留在馬尼拉城的民眾還是相當多，甚至一些貨真價實的西班牙移民因為一直在這里生活，不愿因為這場戰爭就離開這里，寧可放棄自己的西班牙國籍也要留下來。當然了，對這些生在這里長在這里的西班牙人來說，地球另一面的“祖國”實在談不上有什么歸屬感可言，不過只是一重限定發展的身份罷了。改變國籍，在他們看來也不算是什么大逆不道的舉動，更何況新的統治者看起來實力要比西班牙殖民政府強出太多，或許抱緊這條大腿才是今后美好生活的開始。
但在海漢看來，仍然會有一種“非我族類其心必異”的顧忌，對于這些西方人并不是那么放心，只是要如何安頓這些人，今后又該怎樣定位他們的社會地位，都是需要民政部門慢慢撓頭去解決的問題。
而要對整個馬尼拉地區的數萬常住人口進行統計和調查，這無疑又是一項非常繁重的工作，只能是一邊統計一邊對已經分類，確認其處理方式的移民進行相應的操作。但由于參與前期調查統計工作的人手嚴重缺乏，登記資料往往并不細致，所以也會導致軍方對這些移民的操作顯得簡單粗暴，期間所出的問題多如牛毛。
但海漢執委會也不是對馬尼拉地區所面臨的問題熟視無睹，陶東來等人當然知道要將當地完全托管給軍方只能應急，而非長久之計，必須要有經驗豐富的官員盡快去往該地，接管當地的民政事務才行。何況出征當地的部隊大多都是海漢軍中王牌，戰爭結束之后就需盡快回到各自的駐地，所以在海漢軍出征的同時，海漢內部也在進行人事調整，為的便是要給這邊新的疆域任命文武官員。
對馬尼拉這種新占領的地區進行管理，官員必須要有一定的地方執政經驗才行，而且要對南海的地理人文比較熟悉，能夠很快地適應當地的環境。一番內部篩選之后，執委會為馬尼拉所選定的行政長官是原海口地區負責人邱元。他在海口的表現有目共睹，執委會在與他本人進行溝通之后，邱元也希望能夠有一個更大的發展平臺來施展自己的政治抱負，于是便基本敲定了此事。