根據民眾的供述，本地并沒有駐扎成建制的武裝人員，而在港口抵抗海漢軍登陸的浪人也基本都是本地青壯，不過這些人知道自己的行為已經闖下大禍，這個時候全都逃入山林中了。
特戰團的作戰任務可不是挨家挨戶清剿漁民和農夫，既然當下沒有發現任何島上存在有組織武裝的證據，那也就沒有再在奈留島逗留下去的必要了。一幫人來也匆匆去也匆匆，從登島到離島還不到兩個小時。但在此期間因為抵抗而死于槍口之下的島民，那就只能自認倒霉了。
幾小時后在中通島打響的戰斗，才總算是遇到了正主。聯軍艦隊在中通島北邊的海灣里發現了兩艘正在試圖離港的戰船，然后毫不客氣地迅速用炮火將其擊沉在距離海岸不到一里的地方。
船上的水手發現雙方實力懸殊，他們根本無力抵抗來自海上的炮擊，很快便選擇了跳船逃生，放棄了已經開始進水下沉的戰船。
但聯軍艦隊干掉這兩艘戰船之后并沒有就此離開，而是立刻組織了登陸，對這里的港口小鎮進行了突襲。雖然由此展開的戰斗不算太激烈，但也總算是讓特戰團的人馬打起了精神認真應對。
大約有一百多名武裝人員龜縮在小鎮內，利用火槍、弓箭等武器對試圖攻入小鎮的海漢軍進行攻擊。不過他們的防御手段太過單一，而戰線也缺乏縱深，在被海漢軍集火打擊之后，很快就失去了協同。
雙方接戰后耗時十分鐘左右，海漢軍便撕破了對方并不牢固的防線，攻入鎮子里并將對手的作戰單位切割開來，然后分頭殲滅。
在這個交戰階段，軍隊和民間武裝在軍事素質和戰斗經驗上的差距就更加凸顯出來，特戰團對于這種切割敵人陣形的作戰方式駕輕就熟，而抵抗一方則完全沒有相應的作戰預案，在發現自己的側翼甚至后方出現敵人之后便慌亂不已，擔心被對手包圍而不能再專注作戰。
與海漢特戰團這樣的精銳部隊交戰，一旦信心和注意力開始動搖，被擊潰也就只是時間問題了。
福江島上的明軍還在輾轉搜尋下一個目標的時候，奈留島和中通島上的戰斗已經先后結束。不過這除了海漢特戰團的戰斗力更強之外，也與各個島上的具體狀況有關，如果是將雙方的任務互換一下，讓特戰團去負責清剿福江島上的敵人，那他們的行動效率也不會比明軍高出太多，而由明軍去攻打奈留島和中通島的港口，同樣也不會耗費太多時間。
特戰團在中通島的港口和小鎮總共俘獲了四十余人，這些俘虜在港口集中進行了突擊審訊之后，便被分別關押到幾艘運兵船上。海漢并不打算在島上多作停留，從俘虜的口供中得知島上的敵人數量并不多，大部分便已經在剛才的接戰中被海漢所消滅，而逃走的人員其實已經不足以對聯軍艦隊造成威脅了。
這些逃走的人肯定會想辦法通知平戶，所以兵貴神速，聯軍艦隊要盡可能趕在平戶那邊接到警報之前就對平戶島展開進攻。而且五島列島這些島上沒有太多資源，也基本無險可守，所以海漢對于占領這些地方也沒什么興趣，清理目標排除隱患之后便主動撤離了。
從五島列島最北端的中通島，到平戶島的最南端，中間的航程只有四十多里，以海漢艦隊的航行速度，要不了半天時間便能完成這段航程。