后來這些投毒者就變成了巫師，所謂的宗教審判內容也從氣候魔法變成詛咒人生病的黑魔法了。
新教立國之后不斷擴張，日內瓦變成了新教的羅馬，而加爾文被稱為“日內瓦的教皇”。
為了阻止分裂勢力活動，哈布斯堡家族這么做無可厚非，不過底層的平民不那么覺得，他們感覺這是一次迫害，哈布斯堡王朝在消除波希米亞血統中的貴族。
在明斯特，那個被布拉格新教徒厭惡的馬克西米利安大公卻是被愛戴的，他在1618年因無法解釋的突然死亡而去世。
現在的西方國家都不輕易立國教，即便美國總統幾乎都是新教徒，新教依舊不是國教。
英國立新教為國教是國王定的，在1534年通過了“國王至上”的《至尊法》，宣布英國國王亨利八世是“英國教會和教士的保衛者和唯一的最高元首”。一切臣民在需要時都得作效忠至尊的宣誓，承認亨利八世而否定教皇的宗教領袖地位。
也就是說，英國不承認羅馬。
加爾文的先定論提出，上帝從創世以來，把人們分為遴選出來的人和應當拋棄的人。有些人發財致富，并不是由于品德、智慧或勤勞，而是因為他們是上帝早就避選出來的人，至于那些貧窮困苦的人，本來就應該服從上帝不可抗拒的意志。
這和伊拉斯莫所提出的“我希望命運準許我擁有同等程度的自由，就像自然賦予我的那樣”是不一致的。
換句話來說，就是你生下來是個窮鬼，那是上帝的安排，不要掙扎了，要聽從有錢人的。
對有錢的資產階級又不一樣了，他們有任務，要把這個世界從腐朽墮落的舊教手中奪過來。
最早的預定論是四世紀的圣奧古斯丁所傳的，神創造萬物，使萬物運行，都是因著神的旨意，他在創世以前，在永恒之中就已經選召了圣徒，他不是在創造第一個人的時候決定的，而是在造天地海以先，在永恒之中就已經決定了。但是神的旨意里面已經包含了他允許受造物有自由的意志。正因為神依然全然保留了受造物的自主意志，所以神雖有主權，人卻有責任。預定論是指人的得救與否，與貧窮富貴無關，神不僅定好了救恩的事情，也定好了一切，只是人沒法理解。
新教的先定論將人的“自由意志”給剝奪了，這符合資產階級的利益，初期教會人員什么都管，禁止跳舞、游戲、歌唱，甚至不許穿漂亮的衣服。凡是違反規定以及懶惰、貪吃的，都要交付法院審判，加以處罰。
在他所寫的《基督要義》，討論人與上帝的關系中時提到：我們因為與生具有的驕傲，總以為自己是公正、無辜、圣潔和聰明的，除非我們確鑿的證據明白自己的不義、邪惡、愚蠢和卑污，我們只關注自己而不關注主，就不能有這種判斷。
自然正義是古老的正義觀，在某些人眼里無論如何怎么看，魯道夫二世的私生子把情婦殺了，肢解后從窗戶里丟出去，然后官員當做無事發生一樣的做法都是非正義的，新教徒將那些官員扔出去，還沒要他們的命，和那個慘死的女孩比都是幸運的，人渣就該和垃圾呆在一起，這也是布拉格拋出窗戶事件的第二個理由。
即便是一個貪慕虛榮的女孩，她也不該在眾目睽睽之下被人弄成肉塊，然后和垃圾一樣被丟在大街上。
正義不應該與利益掛鉤，更不能用話術操控，1553年，西班牙的著名科學家米凱爾·塞爾維特偶然來到日內瓦。這位科學家發現了心臟與肺部之間的血液小循環，在當時非常有聲望。加爾文因為塞爾維特曾經在書中批評過他的教義，并且與再洗禮派有聯系，因而把這位科學家加以逮捕，并處以死刑。這次暴行招致知識界的普遍不滿，加爾文不得不發表一篇特別的論文為自己辯解。
加爾文教會的組織形式比較有利于資產階級的統治，而科學家需要資金做研究，那次事件最終不了了之了。
在塞氏赴刑的山坡上立著一塊石碑，那是多年后跟隨加爾文的人們立的，上面用法文刻著這段文字：“我們是改教者加爾文的忠實感恩之后裔，特批判他的這一錯誤，這是那個時代的錯。但是我們根據宗教改革運動與福音的真正意義，相信良心的自由超乎一切。”
柏拉圖認為人有理性、志氣、欲望三種屬性，當理性支配志氣和欲望時，此人便獲得正義的德性。柏拉圖強調，法律是一種外在的權威，它的力量來自人的內在的善。
盧梭認為良心是上帝的聲音，是道德上最高統帥的命令。