馮異率軍西出，剛剛到達了弘農，便有當地的十數股小匪，聞風前來歸順，馮異順利地進入了函谷關，然后他進抵了關中的門戶華陰縣。
馮異在華陰縣與赤眉軍遭遇，雙方鏖戰了兩月有余，終于打敗了那一股赤眉軍，收降了兩千多人。西部的戰況開始慢慢地好轉了。
公元27年，劉秀任命馮異為征西大將軍，統一指揮漢軍各部，鄧禹、鄧弘引軍東撤，與馮異合兵了一處。
鄧禹建議再次進攻赤眉軍，但馮異沒有同意。他認為，目前去攻擊赤眉軍，雖然屢有勝負，但赤眉軍兵力甚眾，難以速戰速決。現在陛下在澠池屯兵，已經阻擋了赤眉軍的退路。我們從西邊，把赤眉軍向東驅趕，然后在澠池的地方兩面夾擊，這樣才會萬無一失。
但是鄧禹已經很多次戰敗了，他一心要雪舊恥，他自以為是劉秀的親信，便命令鄧弘進行攻擊。
鄧弘與赤眉軍激戰了多日，赤眉軍佯裝敗退，一路上拋下了許多輜重車，鄧弘的軍隊，已經很多天沒有吃飽飯了，都什么也不顧了，上去就開始搶，但這是赤眉軍的圈套，赤眉軍開始大肆反擊了，鄧弘的部隊大亂，鄧禹和馮異帶兵沖往前去救援，方才逼退了赤眉軍。
馮異提出師老兵疲，應當暫避以休養生息，但是鄧禹還是不聽，再次出擊赤眉軍，又被赤眉軍打得大敗，軍隊死傷慘重，鄧禹只帶著二十四名騎兵突圍向東逃去。一直逃到了宜陽。他自己覺得實在無臉交差了，便派人向劉秀遞交了大司徒和梁侯的印綬。但劉秀把他召回了洛陽，并安撫了他一番，并歸還了梁侯的印綬。
馮異的軍隊也給打散了，他棄馬登上了高坡，緩緩地回到了大營，他花費了不少的時日，收攏著自己的那些散兵，他漸漸地又聚起了數萬之眾。
馮異花了數月的時間，休整著自己的隊伍，他在等待著時機的成熟。
數月后，馮異看到赤眉軍慢慢地聚集了起來。他看到時機似乎成熟了，于是，他向赤眉軍發出了戰書。
赤眉軍已經集結了有三十萬之眾了，樊崇見馮異來下的戰書，便哈哈大笑了起來。在約定的日期，兩軍在崤山的西面，各自擺開了陣勢，便開始接戰了。
馮異早已安排了兩隊伏兵，埋伏在戰場后面的兩側，并且已經換上了赤眉軍的服裝。
兩軍接戰后，樊崇見漢軍沒有多少人，便發起了總攻，馮異接戰后，穩穩地且戰且退。雙方激戰到了午后，大家都人困馬乏的時候，幾聲號角響起，兩旁的伏兵一齊沖了出來，喊殺聲震天，赤眉軍搞不清楚敵我，立刻便陣腳大亂了，便往后潰退了，馮異率軍緊追不舍，在崤山大破了赤眉軍，單擒獲的赤眉軍，就有八萬人之多。赤眉軍的余部，繼續向東逃竄。
劉秀親率了大軍，在澠池和宜陽之間擺開了陣勢。如喪家之犬的赤眉軍，劈面撞到了劉秀的大軍，他們只看見旌旗獵獵、衣甲鮮明，驍騎營和武衛營分列在了左右，而大司馬吳漢，則領兵在前，已準備接戰了。