隗囂于是上書劉秀，向劉秀表示親善，想用此計來進行緩兵，但是被劉秀看破了。于是隗囂便倒向了公孫述。
公元31年春，公孫述封隗囂為朔寧王，開始出兵緩隴。秋天，隗囂親率步騎三萬進攻安定郡，進軍至陰架。另派部隊進攻肝縣，企圖奪取關中之地，但是被馮異、祭遵分別擊敗。
第二年春天，來歙率領軍隊二千人，秘密地從番須、回中襲占了略陽，威脅了隗囂所據的冀縣，隗囂集中了所有的精銳，反攻略陽未能攻克。
四月底，劉秀利用隗囂屯兵堅城、士卒疲憊之機，進兵高平第一城，竇融也率河西步騎數萬前來匯合，漢軍分路挺進隴山，招降了瓦亭守將牛邯等大將十三人，攻陷了屬縣十六座，軍隊十萬多人都投降了。于是略陽終于解圍了。
隗囂率領殘部逃奔西域，漢軍占領了天水郡。當時正逢關東的農民軍余部又拉起了隊伍，劉秀匆匆地趕回了洛陽。隗囂的部將王元、行巡、周家率軍從高地反擊，漢軍糧盡，只得退出了隴西，隗囂收拾了殘部，又攻占了隴西的數郡。
公元32年，隗囂病死，部眾擁立其少子隗純為王。八月，耿弇、寇恂攻破高平第一城。十月，來歙、蓋延攻破了落門縣，王元只身逃走，投奔了公孫述，隗純等投降。劉秀平定隴西的戰役，整整歷時了四年，隴西方才被劃入了劉秀的版圖。
公元35年三月，大司馬吳漢率荊州兵六萬，馬五千匹，至荊門與岑彭匯合，沿著長江西上入蜀，來歙、蓋延率諸軍自隴西南下攻河池入蜀，南線岑彭一路攻城奪縣，俘虜了程凡、斬殺了任滿，田戒退守了江州。岑彭便從三峽長驅直入了江關，沿途郡縣紛紛降附，大軍直逼了江州。
公元35年6月，北路來歙軍大敗了王元、環安的軍隊，攻破了下辯、河池，攻入了蜀中。公孫述派人刺殺了來歙。劉秀派將軍劉尚繼續率軍南下。
江州城因糧多，一時難易攻破，岑彭遂留兵圍困，自己率領主力直指了墊江，攻破了平曲。公孫述命令部將延岑、占銪、王元、公孫恢率軍據守廣漢、資中，另外派侯丹率兩萬人拒守黃石。岑彭率軍折回江州、溯江西上，倍道歉程兩千余里！迂回岷江中游，并占領了武陽，進逼了廣都。公孫述又派人刺殺了岑彭。
劉秀又命吳漢率兵三萬趕到前線，接替岑彭的指揮。
公元36年一月，吳漢大敗蜀軍于魚腹津，并進兵包圍了武陽，殲滅了蜀的援軍五千余人，再次西上攻破了廣都，并逼近了CD。
此后數月，吳漢與蜀軍在CD和廣都之間，殲滅了公孫述的大量的有生力量，兵臨了CD的城下。
吳漢故意示弱誘敵，公孫述貿然出擊，吳漢的伏兵四出，蜀軍大敗，公孫述傷重而死。延岑見大勢已去，遂率CD守軍投降。
劉秀登基后用了十二年的時間，終于平定了天下，使新莽朝引起的四分五裂、戰火連年的中國，再一次歸于了一統。