六月，鎮東將軍張濟到長安勸和，想把劉協暫時安置在弘農。劉協也思念舊京，派人懇請李傕要求東歸，往返十余次李郭才同意。
李傕、郭汜和解，許諾以各自兒子做人質，李傕妻子不同意。最后兩人各將女兒作為人質，并封為君、食邑。
七月，郭汜、楊定、楊奉、董承護送劉協東歸。十月初一，郭汜與黨羽夏育、高碩作亂，趁夜燒毀學舍以威逼乘輿，楊奉和楊定率軍出戰，擊敗叛軍，郭汜敗逃南山。
十二月，張濟聯合李傕、郭汜在弘農東澗與董承、楊奉交戰。楊、董兵敗，死傷無數，劉協露宿曹陽。
楊、董秘密派人到河東，聯合李樂、韓暹、胡才以及南匈奴的右賢王去卑，共同擊破李傕等人，劉協才得以前行。
李傕等人又率軍而來，楊奉等人大敗，死傷更重，董承等人決定渡河，士兵們都想上船，被董承等用長矛攔住，同劉協過河的只有皇后、宋貴人、楊彪以及皇后的父親伏完，其余宮女和官員都遭到了亂兵的掠奪，死傷不計其數。
建安元年（公元196年）七月，劉協在董承、張楊的護送下回到雒陽。拜張楊為大司馬，楊奉為車騎將軍，韓暹為大將軍，兼司隸校尉，韓暹和董承都留在宮中。
董承為牽制韓暹，密召曹操來雒陽。曹操到后上奏韓暹、張楊之罪，韓暹逃奔楊奉，劉協念其護駕之功而特赦。
劉協拜曹操為司隸校尉、錄尚書事，隨后曹操以雒陽殘破為由，遷都許縣(今河南許昌)，曹操封為大將軍，進封武平侯。
十一月曹操升任司空、行車騎將軍事。從此曹操挾天子以令不臣，總攬朝政。
建安五年(公元200年)，劉協不滿曹操大權獨攬，不甘心作為傀儡，于是暗下衣帶詔，令董貴人的父親車騎將軍董承設法誅殺曹操。
董承遂與左將軍劉備、長水校尉種輯、將軍吳子蘭、王子服等一起密謀，結果事情敗露，董承等人都被曹操誅殺。
曹操又帶劍入宮，來殺董承之女董貴妃。此時董貴妃有孕在身，劉協求其放過，曹操仍施毒手。
伏皇后從此心生畏懼，便給父親伏完寫信，講述曹操的暴行，請求父親秘密鏟除曹操，伏完不敢動手。
建安十九年（公元214年)，伏皇后與父親伏完的密信之事被發現。曹操大怒，逼迫劉協廢除伏皇后，并假為策書，以伏皇后卑賤出身，包藏禍心，不能承接天命為由，退去中宮之位。
遂派尚書令華歆統兵逮捕。曹操將伏皇后關到監獄里，幽閉而死。伏皇后生的兩個兒子也被毒死，伏氏宗族被處死一百多人。
伏壽母親盈被流放涿郡。伏皇后遇害之事傳到蜀地后，益州牧劉備為她發喪。
建安二十年(215年)，曹操威逼劉協立其女曹節為皇后。
建安二十一年(公元216年)，曹操自封為魏王。建安二十五年(公元220年)，魏王曹操去世，世子曹丕繼位。
曹丕當魏王后，祥瑞不勝枚舉。曹丕的親信華歆率大臣聯名上書，勸漢獻帝把帝位讓給魏王曹丕。
漢獻帝深知漢室氣數已盡，連下三道禪位詔書，懇求曹丕效仿虞舜，曹丕不受。延康元年十月乙卯日，劉協正式禪讓帝位。
先告祭祖廟，后使張音奏璽綬詔冊奉交曹丕。曹丕在桓階等人所上的“登壇受命表”上批下“可”字。
二十九日，曹丕在繁陽亭登上受禪壇稱帝。改元黃初，雒陽改為洛陽，大赦天下。
曹丕封劉協為山陽公，爵位在諸侯王以上，享受食邑一萬戶，對魏朝皇帝奏事不稱“臣”，接受詔書不下拜，繼續使用天子鑾駕、衣服，享受郊祀天地的禮儀，奉行漢室禮儀，祭祀漢室宗廟、祖廟、臘祭，并在山陽國濁鹿城建立都城。劉協四個受封為諸侯王的皇子，均降為列侯。
建安二十六年，劉備稱帝于蜀，孫權稱王于吳，從此天下三分。
魏明帝青龍二年三月庚寅，山陽公劉協薨，劉協從遜位到去世十四年，終年五十四歲。魏明帝曹睿率群臣親自哭祭。</p>