此時毛文龍還是出兵襲擊后金后方永寧，對建奴進行力所能及的騷擾，努爾哈赤得報，不得不停止繼續對山海關對攻擊，就在緊閉不出的寧遠城前，帶著海量的繳獲，三十萬俘虜的蒙漢百姓率兵回軍，二月九日返回到沈陽，寧遠之戰結束，歷史上被稱為寧遠大捷。
至于覺華被破，錢糧被搶，百姓被俘，不過是一個春秋筆法罷了，那都是小事。
不管怎么說，寧遠之戰是明金交戰以來明軍所獲得的第一次大勝仗。它遏止了后金對關內的進攻，挫傷了他們的銳氣，穩固了明朝寧錦防線。同時努爾哈赤亦因中炮負傷，不久即告身亡而使得后金國內部產生權利之爭，有相當一段時間不敢南犯中原。這就是大勝。
孫承宗病退，明軍寧遠大捷，袁崇煥升任巡撫，現在的袁崇煥總算是得償所愿，成為了薊遼第二人，于是，他認為他應該是這薊遼第一人，他膨脹了。
于是，就和總兵官滿貴鬧別扭，最終，向朝廷以與總兵滿桂不協，請移之他鎮，朝廷廷議之后，乃召滿桂還。
及王之臣代高第為經略，復奏留滿桂，袁崇煥又與不協。朝廷慮敗事。命王之臣督關內，袁崇煥督關外，劃關而守。袁崇煥慮廷臣忌己，乃上書請“惟圣明與廷臣始終之。”
朝議以袁崇煥、王之臣不相能，結果又召王之臣還，罷經略不設，以關內外盡囑袁崇煥，與鎮守中劉應坤、紀用等便宜從事。從此，袁崇煥真正成為了薊遼第一人。
大權在握，當然要更進一步，于是，袁崇煥脅著圣眷和內閣對他的依賴，以事權統一，和毛文龍不和為由，請將毛文龍移他鎮，親自指揮東江鎮。這個，皇帝和內閣研究之后認為——不行。
袁崇煥就再次上書，既然自己已經巡撫關內外，當有節制關內外一切軍事民事之權，，若事權不能統一，南北不能統一調度，不能如臂使指，建奴難滅。再請節制毛文龍。皇上和內閣陷入兩難抉擇。
對于袁崇煥想要染指東江鎮的做法，毛文龍并沒有像往常一樣，誰伸手東江鎮就剁誰的手，而是不溫不火的給了袁崇煥一悶棍。直接發公文給袁崇煥：“東江鎮一直歸薊遼督師衙門管，這是自己的組織，這一點自己從來沒有否定，既然我是你的一部分，在朝鮮戰爭覆滅日本戰爭，和歷次對建奴的戰爭中，我一共損失了20萬將士，撫恤合計600萬銀元。從開鎮以來，這些年軍費拖欠合計一千萬銀元，歷次戰爭所消費物資，五千一百萬兩，政府開支，難民安置，收買建奴人頭，林林總總，合計8000萬銀元，看著你我同為大明效力的份上，利息就免了，合計一萬萬六千萬，咱們打個折，一萬萬五千萬，請巡撫大人撥付，十萬火急。”
袁崇煥斷然拒絕。然后毛文龍立刻將呂一學帶著一群能說會道的人，直接去了寧遠討債。
呂一學是秉承了毛文龍的意見，進行的軟磨硬泡，攔路堵截，半夜院外呼喊，大墻潑漆寫字，手段無不用其極。而且冠冕堂皇，既然你是我的上司，你就必須給我這些錢，不然我這二三百號就死在你面前。用盡了毛文龍教導的暴力討債的手段，簡直讓人煩不勝煩，躲無可躲。
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