自從大明開放海禁之后，無論是朝廷還是民間，對于船只的需求都是極大的，朝廷不僅需要大量的戰船，也需要大量的運輸船轉運各種物資，民間的各種需求也是極為龐大的，百姓需要大量的船只用于貿易，大明之前對于民間造船的禁令已經過時了。
之前大明為了厲行海禁，禁止建造遠洋船只，禁止保留超過兩根以上桅桿的帆船。違者就要處以極刑，對于現在的大明來說，這顯然已經不合適了。
大明現在要發展造船業，而不是限制造船業，故而朱載坖頒布詔書，解禁民間造船，只要向地方官府和當地的水師總兵報備之后，按照船只的大小向朝廷繳納稅銀后，就可以在大明的各個港口航行了。
戶部經過核算之后，決定以噸位收取稅銀，一料一兩白銀，只要向朝廷繳納稅銀，就可以領取執照，在大明航行，沒有執照的，一旦被大明各巡檢司、海關緝私水師拿獲，船只沒官，首犯徒三年。
而水師各鎮、緝私水師，按年擬定所缺少的船只，由朝廷統一安排制造，然后撥付各部使用。朱載坖還逼著戶部出銀，命令天津造船廠制造七艘兩千料西洋戰艦，分配給水師各鎮，充作水師總兵的旗艦之用。
除了這些之外，朱載坖還調整了沿海的軍事長官名號，和九邊的提督對應，沿海地區也一樣設立提督軍務總兵官，但是名號和九邊有所不同。
由北到南分別是提督南直隸、山東等處水陸軍務事總兵官、提督閩浙水陸軍務事總兵官和提督兩廣水陸軍務事總兵官。
其中提督南直隸、山東等處水陸軍務事總兵官下轄南直隸總兵、南直隸水師總兵、山東水師總兵三鎮。
提督閩浙水陸軍務事總兵官下轄福建總兵、浙江總兵、福建水師總兵、浙江水師總兵四鎮。
提督兩廣水陸軍務事總兵官下轄廣東總兵、廣西總兵、廣東水師總兵、廣西水師總兵。
隨后朱載坖下達詔書，任命俞大猷為提督兩廣水陸軍務事，加平蠻前鋒將軍，湯克寬為提督閩浙水陸軍務事，加靖海將軍，劉顯為提督南直隸等處水陸軍務事，加平海將軍。
同時升原巡撫福建都御史涂澤民為閩浙總督，朱載坖交給涂澤民一個重任，就是經略夷洲，也就是臺灣，之前因為海禁，撤銷澎湖巡檢司，并且將臺灣的居民遷回大陸，嘉靖四十二年，考量沿海治安等因素，復設澎湖巡檢司。
朱載坖認為夷洲孤懸海外，若大明不加以控制，恐怕外夷、倭寇就會控制，且夷洲為福建之屏障，豈可無備？朱載坖要求涂澤民督率官軍，護送愿意移民到夷洲的百姓前往夷洲，福建總兵、福建水師總兵都要在夷洲專設一鎮，加強朝廷對于夷洲的控制。
福建土地稀少，朱載坖特地下旨，愿意去福建開墾土地的百姓，給銀五兩，農具、種糧五石，十年起科，也就是免征田賦十年，用以刺激百姓前往夷洲開墾土地，同時對于夷洲當地的土著，愿意成為大明百姓的要給予優待，不愿的堅決予以打擊。
朱載坖對于夷洲是很看重的，寧愿倒貼都要將夷洲牢牢的控制住，面對很多臣子的不解，朱載坖強硬的要求涂澤民加以執行，一定要把夷洲牢牢的控制在手中，絕對不容丟失。
同時朱載坖還要求大明水師除了日常的訓練和出海巡邏之外，還還要盡可能的開展遠洋航行，熟悉航路，同時懸賞民間，能夠為官軍提供可靠的海圖的商人，可以獲得從一千兩到五千兩的賞賜，以及冠帶等榮譽稱號。
同時朱載坖還命令水師和大明的這個屬國要加強聯系，現在主要是朝鮮、琉球等較近的國家，日后要向探明倭國的航路，還有去往南洋的航路，朱載坖要曉諭兩廣提督俞大猷，除了剿滅廣西的韋銀豹之亂外，還要時刻對西夷保持警惕。
總的來說，隆慶五年算是很平穩的過去了，財政實現了盈余，太倉的存銀第一次長期保持有一百萬兩的儲積，馬森這個戶部尚書終于算是能夠過一個好年了。
朱載坖同時準備和內閣以及重臣們商量官員俸祿的問題，朱載坖認為，大明官員的俸祿確實有些過于低了，大明官府的法定俸祿之薄，確實是歷代罕有的，內閣大學士的官俸，還不能達到五代北漢宰輔的一半，與唐代相較，更是相差甚遠。內閣大學士的官俸尚且如此之薄，至于那些下層官員的俸薪就更顯低薄。據呂坤《呻吟語》記載，倉官每月的俸糧，只有1石；驛丞的俸銀，一年也只有7兩銀子。
但是大明官員的生活，卻并不會因此貧困，因為他們的非法收入實在是太多了，州縣官員有陋規常例，京官有冰敬、碳敬，這些其實都已經算是比較明白的潛規則收入了。
至于其他的貪贓枉法之事，那就是更加平常了，現在的大明，只收各種常例、陋規的官員，那就已經算是清官了，官員們瘋狂地營私舞弊，大肆貪污受賄，利用權力撈取銀子，敗壞社會風氣，激化官民矛盾，甚至激起民變。與此同時，清官則鳳毛麟角，而且往往因為不識時務而窮困潦倒，成為其他官員的笑柄和被孤立的異類，甚至劣幣驅良幣，為貪污腐敗的潮流所淘汰，雖然朝廷也表彰清官，但是對于官員們來說，根本無濟于事。
所以朱載坖認為，一方面要提高官員的俸祿，另一方面要嚴厲的整飭吏治，對于貪官污吏決不留情。
朱載坖將自己的想法告知閣臣們之后，得到了高拱等人的支持，高拱早就想整飭吏治了，現在朱載坖主動提起，高拱自然是極為贊成的。
但是李春芳則是有些憂慮，畢竟朝廷的財政狀況，才剛剛開始好轉，這個時候就大幅度增加官俸，有些不太合適，而且官俸是太祖皇帝欽定的，朱載坖作為子孫后代，隨意變動，在輿論上也說不過去。</p>