王錫爵的奏疏可謂是極為尖刻的，王錫爵認為現在的科道既沒有監察戶部的想法，更沒有監察戶部的能力，他們只會侈談國家，而不能解決實際問題。
所以說，總結王錫爵的奏疏，就是戶部的司官吏員不是東西，吏部的堂官們有意因循茍且，戶科和都察院御史們是無能且無為，總之就是四個字，大明要完。
朱載坖聽完了之后，笑著說道：“王錫爵此本，甚有意思，下內閣，令各官上疏自辯。”
王錫爵的奏疏直接在朝堂引起了軒然大波，涉事的官員們自然是紛紛上疏自辯，戶部尚書馬森直接上疏請辭，盡管朱載坖再三挽留，但是馬森去意已決，不愿再擔任戶部尚書，馬森認為自己確實是年事已高，沒有精力再處理戶部這么繁雜的事情，請求朱載坖另選賢能。
對于王錫爵的奏疏，馬森則是認為切中時弊，確實將戶部現在存在的問題給說明白了，但是這些事情并不是一時半會就能形成，很多東西都是年深日久就形成的。
就如同部、科之間的關系，并非是一開始就是這樣的，在大明剛剛建國的時候，六部的地位是極高的，但是隨著時間的推移，科權越來越重，部權越來越輕，在強勢的科道官面前，不僅僅是戶部，六部幾乎毫無立場。對于六科對以六部為首的內外諸司章奏的稽查、注銷流于形式的原因，馬森的看法和王錫爵是一樣的，因為許多意見建議本就是給事中提出來的，六科又怎么去否決自己的建議呢？
哪怕明明是餿主意，六科都會按著六部的頭將之執行下去。對于這種情況，并非一時一世而形成的，而是長久以來的形成的，想要糾正，也不是一時半會就能行的。
馬森認為王錫爵的奏疏很有見地，一語道破了現在六科和六部的關系，雖然自己無法再為朱載坖效力了，但是希望朱載坖能夠采納王錫爵的相關建議，制定合理的辦法，規范科權與部權。
朱載坖在收到馬森的請辭奏疏之后，趕緊下旨挽留，但是馬森還是堅持上疏求去，朱載坖于是召見馬森，請這位老臣到文華殿面談。
馬森到了之后，朱載坖說道：“大司農，眼下國事方殷，卿豈可遽離？”
馬森笑著說道：“陛下，老臣才具不足，實難勝任大司農之職，還請陛下另擇賢能。”
朱載坖說道：“難道是因為王錫爵的奏疏？”
馬森搖搖頭說道：“陛下言重了，老臣早有去意，與王太倉無關也。”朱載坖向馬森詢問他對于科權、部權的看法。馬森并沒有正面回答朱載坖，而是講了一些嘉靖年間的舊事。
馬森說當年嚴嵩當首輔的時候，曾經向嘉靖上疏稱：“言官論事皆無深慮，偶有臆見，任意陳奏。該部不審可否，畏奉言官，一概題覆準行。”
而嘉靖的御批也很有意思，嘉靖御批道：“天下大政屬之六部，言官意見或有異同，部臣當執可否以為行止。爾等何每事輒與題覆，以致方行遽改，甚非政體。”
這君臣兩位對于言官都不是很買賬，嚴嵩自不待言，和言官幾乎是勢成水火，嘉靖也一向不待見他們。