正如馬森之前所分析的一樣，六科對于內閣來說是極為重要的。
內閣控制六部，主要就是通過兩種方式，第一就是直接控制該部堂官，這樣是最方便的，一部尚書是自己人，那當然是最好的辦法，不過現在這條對于閣臣來說是很難的。因為畢竟就算是政治盟友，互相之間也有政治利益的不同，人家堂堂一部尚書，總不可能完全沒有自己的政治利益吧？部臣和閣臣之間，天然是存在沖突的。
而且閣臣之間的互相矛盾和皇帝的介入會使得這個關系更加復雜，作為皇帝，肯定是要在各個派系之間玩平衡的，閣臣與部臣之間的矛盾，閣臣之間的矛盾都是皇帝利用的機會，在這種情況下，即便是首輔，要想完全控制部臣都是不太現實的。
尤其是吏部、戶部、兵部這樣的要害衙門，更是各方爭取的關鍵，哪個閣臣都無法完全控制六部，即便是當年的嚴嵩、徐階，尚且無法做到，何況現在這幫閣臣呢。
而另外一種控制六部的方式就是通過六科，這種方式對于閣臣來說是很簡單的，因為能夠當閣臣的，哪個身后沒有一幫小弟，李春芳、徐階這樣的自不待言，黨羽眾多而且來源復雜，有自己的鄉黨，還有心學門徒，更有自己的門生。
就是高拱、殷士儋這樣的閣臣，也有自己的鄉黨和門生為之奔走，將自己的黨羽安排到六科，就是一石二鳥的好事，首先就是控制六科這個打手機關，畢竟現在的各種斗爭，科道官都是重要的打手，自己在科道的人越多，噴起來就越有力，文官之間的斗爭有時候就是這么樸實無華，看誰能噴，看誰噴的多。
同時科道官的前途都是不錯的，也適合安排自己人，借以提拔自己的黨羽，同時利用科道的監察大權，直接影響六部行政。這也是閣臣們一貫做法。
現在本來就是科強部弱，再加上閣臣們雖然很難控制尚書、侍郎這些堂上官的人選，但是對于各部的司官還是可以控制的，這就導致一個結果，各派文官分曹為朋，言官與部院諸司官員相互攪和在一起，只有為各自利益而結成的群體，朋黨已經初現端倪了。
但是通過控制六科借以影響六部，已經是幾代閣臣的慣用做法了，在內閣的默許和支持下，六科大肆擴張權力，從一個單純的監察機關，變成了內閣控制朝政的重要抓手，要想讓內閣自斷一臂，顯然是不太現實的。
從成化以后，六科給事中在這些事項上積極發表意見，提出建議，甚至有時關于國家大事、政策弊病、民間疾苦，幾乎都是由六科給事中最先提出來，六部據此研究覆奏意見，而對于六部的覆奏意見，六科又可以封駁、抄參乃至糾劾，部科關系已經完全顛倒。
六科凌駕于六部，而內閣又操弄六科，六部從大明朝廷的行政機關變成了為六科、內閣的辦事機構，而本來是天子耳目的六科，則成為內閣的打手，真是奇哉怪也！
現在王錫爵要求回到原來的制度，剝奪六科不該有的權力，這當然是內閣們不愿干的事情，一旦沒有六科的支持，內閣能否按住六部，尚未可知也。
現在六科的權力已經滲透進了六部行政的方方面面，如吏部選官，沒有吏科給事中的配合即進行不下去；戶部、工部等涉及到財政、工程等方面的事項，必須要有給事中的參與，才能夠完成相關程序。以戶部派遣官員催督稅糧而言，必須要戶科都給事中赴司禮監領取勘合批文，官員才能派遣出去。其他部院，包括大理寺、太常寺、太仆寺等的重要工作，也大多類此。