王錫爵走后，朱載坖第一時間召見了內閣和部臣們，朱載坖問道：“對于王錫爵的奏疏，你們怎么看？”
重臣們認為王錫爵的奏疏還是言之有物的，甚至在南京的督師大學士張居正也上疏朱載坖，認為王錫爵的奏疏誠憂國之言也。
但是具體應該怎么辦上，內閣還沒有具體的措施。而朱載坖也深知此事的重大，朱載坖和馬森、王錫爵想得都不太一樣，朱載坖認為，既然還要改革，那小改不如大改，而現在整個內體的關鍵是在內閣，內閣的權力不明晰，導致整個大明的中央官制就處于混亂之中。
內閣沒有明確的執掌，導致內閣完全依靠閣臣個人的能力擴張權力，閣部之爭遷延日久，所以朱載坖認為，要重新擬定大明中樞各衙門的執掌，還有就是內外朝官，將行政和監察徹底分開，這樣的話，才能夠解決大明現在的問題。
而這次朱載坖沒有選擇先召集閣臣們商量此事，而是選擇先召集部臣們商量此事，朱載坖首先召見的是吏部尚書楊博和禮部尚書呂調陽，楊博自不必說了，呂調陽雖然是李春芳引薦的，但是朱載坖也遣廠衛查過此公，這位屬于在政壇默默無聞的老好人，派系色彩并不是很濃。
朱載坖召見他們二人的原因，就是向他們詢問內閣的地位和執掌問題，他們一個是執掌天下禮制的大宗伯，一個是執掌大明銓政的大冢宰。
朱載坖開宗明義的問道：“楊天官、呂宗伯，以我大明祖制，內閣是何等樣衙門啊？”
這個問題使得兩位重臣一時之間有些不好回答，經過短暫思索之后，禮部尚書呂調陽說道：“陛下，蓋內閣之制，追之于宋也，宋置殿閣之職為皇帝近侍，本朝沿襲之，為陛下顧問之臣也。”
楊博也說道：“大宗伯所言甚是，所謂內閣，內者，大內也，閣者，殿閣也。”
對于兩位部堂大員的說法，朱載坖并不滿意，朱載坖說道：“朕是讓兩位說內閣是何等樣衙門，不是叫二位說文解字來的。”
面對朱載坖的不滿，楊博、呂調陽趕緊請罪，朱載坖說道：“卿等直言就是，朕已經屏退外人了，此間僅有二卿與朕，何話不能說得？”
有了朱載坖這句話，楊博這才說道：“陛下既如此說，則老臣放肆言之，所謂內閣者，翰苑之內署也！”
楊博認為，內閣從制度上來說，僅僅是翰林院派駐內廷，作皇帝顧問的一個機構而已。
朱載坖問道：“大宗伯呢？”