雖然蘇松等府縣小麥并不是主要的糧食作物，但是之前稻麥輪作在東南各府縣都是非常普遍的。
王錫爵就在上疏中稱：“臣鄉種田，多在夏至后，秋盡而收，種麥多在立冬后，至夏至而收。中秋前下麥子于高地，獲稻畢，移秧于田，使備秋氣，雖遇霖雨妨場功，過小雪以種無傷也。”
稻麥輪作原本在東南的各府縣是非常正常的事情，但是由于棉花播種面積的增加，稻麥輪作就不可避免的收到影響，因為小麥不可以和棉花輪作，麥棉輪作之所以較少，主要是種麥耗地力太大，影響棉花產量，松江府的奏疏中就說的很明確，松江府的奏疏中稱：“凡田，來年擬種稻者，可種麥；擬棉者，勿種也。若人稠地狹，萬不得已，可種大麥或稞麥，仍以糞壅力補之，決不可種小麥。”
在這種情況之下，棉花的播種面積上升不僅是壓縮了水稻的產量，還會減少輪作小麥的面積的產量，據蘇州等六府的統計，小麥輪作的面積比之國初減少了一百七十萬畝。
根據東南州府的上疏，現在本地出產的糧食已經是遠遠不足以滿足當地百姓的需求了，以嘉定縣為例，由于土地不宜于種稻，唯種木棉，所以也只得以花織布，以布貿銀，以銀糴米，以米兌軍，運他邑之粟充本縣之糧，東南的州縣官員和東南出身的官員們認為，造成東南糧食緊缺的原因是是朝廷在東南征收的漕糧等。
朱載坖就知道他們會拿此事來說事的，他們認為僅以蘇、松等5府所征夏稅秋糧米麥除存留供本地使用外，每年起運南、北二京及淮安、徐州諸倉本色糧共為382萬石，以最低費用3石計，共需本色糧1528萬余石。再加上存留糧約256萬石，實際賦稅支出高達1784萬石。
在之前，由于蘇松等府縣主要是種植水稻等糧食作物，尚且能夠支應，現在由于大量的種植棉花，蘇松等地的糧食產量不足，前首輔徐階、閣臣嚴訥也給朱載坖上密疏，陳述現在蘇松等地的重賦情況，他們以華亭縣一戶自耕農為例說明蘇松等地的重賦。
松江府華亭縣的一戶人家，有成熟田十四畝，山地十六畝余，算是個小地主，應納本色平米十二石有奇，細布一匹有半，準平米二石五斗有奇。除正稅一石六斗二升外，該加耗十二石九斗有奇。以算法計之，是正稅一石而征八石有奇。
徐階、嚴訥等認為，加耗實在是太多，對于百姓來說實在是難以負擔，希望朱載坖在蘇松等地推行田賦的改折，以減輕百姓的負擔。
朱載坖于是召集六部九卿和所有相關的臣子，商量此事，對于現在東南出現的糧食緊缺的情況，有一些官員認為之所以造成這種情況，主要還是這些府縣的百姓舍本逐末導致的，要是他們還像以前那樣種植糧食，是絕對能夠繳納朝廷的賦稅的，所以要讓百姓們回歸本業，去種植糧食。
對于這種言論，朱載坖只能表示你他娘的真是個人才，人家改稻為桑，你準備改桑為稻是吧？官府直接通過行政命令干涉百姓的生產，這是朱載坖認為最愚蠢的事情了，沒有之一，一幫四體不勤五谷不分的官老爺，去教百姓該怎么種田，該種什么，這是多滑稽的事情。
朱載坖當即將出這個主意的官員予以訓斥了，這些主意純屬餿主意，從三皇五帝以來，也沒有那個皇帝去教育百姓要種些什么，這不是愚蠢至極的辦法嗎？朱載坖堅決不能答應這種錯誤的主意。
朱載坖認為百姓要種植什么，那是百姓的自由，官府去強行要求百姓種什么，那是極為愚蠢的事情，對于東南現在面臨的窘境，無非就是當地百姓因為種植棉花等的收益比糧食高，故而愿意種植棉花，對于百姓來說，哪里想得到什么這么大的事情，什么朝廷的漕糧、九邊的軍糧，這些都不是升斗小民應該考慮的事情，對于他們來說，什么掙錢多就種什么，這是自然的道理。
現在的問題就是朝廷在蘇松等地本來是征收漕糧，用以供給京師的，現在由于蘇松等地的糧食減產，蘇松本地為了保證朝廷的漕糧，不得已大量的購買湖廣的糧食，不僅供本地區食用，還將之繳納為朝廷的漕糧，這已經是公開的事情了。
徐階在密疏中就說道：“江、廣之米不特浙屬藉以濟運，即蘇屬亦望為續命之膏。”可見江西、湖廣的糧食現在對于蘇松有多重要。
但是對于朝廷來說，漕糧也是非常重要的，這是保障北方邊鎮軍糧，京師官員士卒所用的，絕對不能減少的。同時為什么蘇松愿意改折，是全國改折呼聲最大的地方，因為蘇松由于海上貿易的發達，銀兩大量的涌入，改折銀兩，對于他們來說是最為有利的。
有些官員認為應該提高蘇松地區田賦改折的比例，加重蘇松的賦稅，對于這種說法，朱載坖予以否定，朱載坖認為，不要把所有的賦稅都往百姓上加，尤其是往農民頭上加。
朱載坖認為，蘇松等地，商貿興盛，經濟繁榮，賦稅的重頭戲應該是工商業，蘇松的棉紡織業、還有貨運等項目，都要制定詳細的增稅細則，應該向工場主征稅，而不是向農民征稅。
朱載坖要求戶部和浙江、南直隸的地方官，還有提督海關衙門等商量出一個對于這些行業征稅的辦法，還有就是漕糧的解決，現在顯然是要用江西、湖廣糧食替代原本加在蘇松頭上的糧食。
東南州縣想把漕糧這個包袱甩給湖廣和江西，在朱載坖看來是想都別想，雖然這些糧食產自于湖廣、江西，但是最終還是要東南來買單才行。
朱載坖向臣子們解釋了自己的想法，他說道：“天之道，損有余而補不足，蘇松富庶，國家財政所倚仗也，湖廣、江西，不可等量齊觀也。”</p>