佛郎機使節走后，朱載坖和張居正、楊博等人隨即商量起來應該怎么辦了，對于現在呂宋島上的情況，大明并非是一無所知，對于佛郎機在呂宋島上的擴張，緬甸總兵俞咨皋和緬甸水師總兵鄧子龍早就上疏陳述國了。
嘉靖四十四年，佛郎機人占領宿務，在呂宋島上建立起據點，隆慶五年，佛郎機人黎牙實比率遠征隊占領馬尼拉，并將之建設成佛郎機人殖民統治的中心。但是并不意味著佛郎機在呂宋島上就站穩了，事實上從呂宋島緬甸的華僑們的講述來看，呂宋島上的反抗還是很激烈的，在征服呂宋南部中，遭到了穆斯林勢力的強烈抵抗，對呂宋整個群島的征服并沒有完全成功。
而且佛郎機人現在是需要大明予以支持的，呂宋本地生產力低下，土著所生產之物，不僅種類稀少而且產量不高。根本無法滿足佛郎機人的需求。在這種形勢下，佛郎機人發現，為了維持佛郎機人對糧食、彈藥等物品的開銷，佛郎機人唯一可以獲得幫助的只有中國商人。
大量的中國商人為呂宋島上運來了糧食、布匹甚至與鐵器、火藥等違禁物品，使得佛郎機人可以在呂宋島上的生存，同時為了在呂宋島上營建各種城市、炮臺等，又需要大量的勞動力和懂營建的人，華僑可以為他們提供這些幫助，朱載坖認為，佛郎機現在還沒有能力挑戰大明。
但是也不得不防，朱載坖和楊博、霍冀等人商量之后，決定敕令中南總督殷正茂加強戒備，尤其是水師，要出海巡邏，護送華僑的船只到緬甸去，向佛郎機人宣示大明的武力，同時要增加緬甸水師的兵力，在仰光附近的沿海地區新建炮臺，嚴防佛郎機人的突襲。
至于所需的火炮、船只，一部分有朝廷的造船廠、鑄炮廠調撥，另一部分撥給銀錢，直接從紅夷手上去購買，作為應急之用，同時和紅夷加強聯系，以夷制夷嘛，現在紅夷在海上的勢力不夠強大，還是比較恭順的。
佛郎機人和紅夷之間因為爭奪和大明貿易的主導權，經常是明爭暗斗，朱載坖決定利用紅夷，之前紅夷就通過商人向大明傳遞信息，稱：““不敢為寇，欲通貢而已。”
但是朱載坖一向對于這些西夷相對警惕，朝堂上也不愿同他們建立任何的外交關系，但是現在形勢不同了，大明奪取緬甸之后，已經算是正式介入了南洋，和這些西夷之間的沖突是在所難免的，朱載坖認為，大明要主動了解這些西夷，他們也不是鐵板一塊的，朱載坖諭令禮部和沿海地方督撫，一方面要加強海防，御敵于國門之外，另一方面和主動和西夷交往，探聽虛實。
同時組建使團，準備和紅夷接觸，在紅夷商人的引導下，前往歐洲去接觸他們，只有得知其虛實，才能夠想辦法應對他們。現在大明君臣對于海關都是極為重視的，因為海關的關稅銀是大明財政收入的重要部分，已經和鹽稅等量齊觀了，而關稅和西夷和很重要的關系，所以必須對了解西夷，現在的朝廷，對于西夷并沒有那么反感了，畢竟朝廷的收入還要指望這些西夷。
朱載坖的南京駐蹕了幾日之后，松江等地就傳來了消息，在協理海關事務徐渭的指揮下，官軍水師在松江、舟山等地查獲了四艘走私船，上面運載的都是倭國的金銀、刀劍等物，想要到大明換取生絲等產品，抓獲的走私販子當即被徐渭移交給錦衣親軍，在陸繹等人的嚴審之下，他們交代了和大明這邊接頭的商人之后，錦衣親軍迅速行動，在蘇州、松江、湖州等地抓捕通倭的商人。
朱載坖再次發布上諭，重申對倭國的貿易禁運，對于敢于通倭者，必置之重典，將這些通倭商販家產抄沒，舉家流放哈密，同時對出口商品的稅則、種類再次予以重新規定，同時對于東南等地銀錢流通不暢的事情予以嚴厲斥責，要求限期廢兩改元，從東南做起，朝廷官府不再使用銀兩，而是使用少府鑄造的銀錢，無論是征繳賦稅還是發放官俸、軍餉等，都必須限期改用銀錢，以三年為期，廢兩改元。
朱載坖的詔書無異于在東南平靜的池水中投入了一枚巨石，南京的官員們紛紛上疏，認為朝廷推行廢兩改元過于激進，民間一時之間難以接受，還有上疏認為朝廷官鑄的銀錢，含銀只有九成，有掠奪民財之意。
對于這些言論，朱載坖不為所動，要求南直隸、浙江州府，必須限期廢兩改元，朱載坖很清楚，大明朝什么緩一緩就是不執行的意思，什么緩一緩到最后就變成了一緩到底，徹底不執行了，所以朱載坖這次一定要將銀錢在東南推行下去。
在朱載坖的準備之下，少府從京師運來了價值二百八十萬兩的銀錢，這是少府這幾個月的積存，用于在蘇松南京揚州杭州湖州等地投放，同時收繳民間雜色銀兩，統一熔鑄之后解運京師鑄成銀錢投放到市場中。
朱載坖對于東南的這幾拳，搞得東南的商人們一時之間有些措手不及，想要反抗吧，大批的錦衣親軍就在東南，敢跳出來就是一個通倭的罪名扣在頭上，什么，要證據，錦衣親軍馬上給你編出來，保證就算是三法司也翻不了案。
關鍵是以往這些商人們慣用的手段對于朱載坖不奏效了，買通地方官和衙門小吏，現在的東南的地方官和小吏都不是本地人，和這些商人素無交情，怎么可能把自己的前途搭上去，現在的小吏更是不敢和州縣正印對抗，因為小吏要想參加考選，州縣正印的考語是很重要的，只有給他一個下等的考績，最少就要過三次考核之后才能參加吏員的考選，這些小吏現在對于正印官巴結都還來不及，怎么敢和他們作對。</p>