和重臣們商量完此事，朱載坖單獨將戚繼光和兵部尚書王崇古留下，商量有關北部邊防的事情，對于現在的大明來說，北部邊防主要就是兩個方向，東北和西北，現在西北有西域和青藏，東北有土蠻和女真，朱載坖認為應該想辦法解決這兩大邊患。
對于朱載坖的看法，王崇古和戚繼光都明白朱載坖的意思，朱載坖無非就是對于北方這些蒙古人和西番有起了心思，這點上朱載坖和成祖皇帝是頗為相似的，他們兩人都認為，對于這些異族，要時刻敲打，以防止他們起了不該起的心思，但是朱載坖的手段現在是更多一些，除了軍事征服之外，朱載坖還支持索南加措在蒙古傳教，用宗教加強對于土默特部的控制。
對于朱載坖想法，王崇古和戚繼光當然是很清楚的，朱載坖認為九邊長期和平，對于九邊官軍的戰斗力是不利的，所以必須要每隔一段時間搞些事情，防止官軍的戰斗力下降，所以朱載坖有想法要在北邊有所動作，不過對于到底是在西北還是東北，朱載坖沒有拿定主意。
所以朱載坖向王崇古和戚繼光詢問對于北方用兵的想法，王崇古和戚繼光都認為西北不如東北，首先就是西北補給困難，朝廷雖然也在西北大修道路，但是西北地形復雜，要想修筑道路的難度遠遠大于在華北和中原地帶，而朝廷在河套地區的屯墾才剛剛開始，現在河套的糧食產量還不足以支撐官軍在西北大規模用兵。
而且官軍剛剛在青海大戰一場，將蒙古人攆到西域去了，對于朝廷來說，現在在西北主要的精力是控制住青海，然后在河套大規模興修水利以屯田守衛，等到朝廷在青海的戰馬和河套的糧食都充足了之后，就可以對西域或者青藏進行經略了。
王崇古和戚繼光都認為，現在對西北動手，實際還并不成熟，無論是后勤還是官軍的狀態，還有西域、青藏對于大明的態度來說，現在都不適合大規模在西北用兵，這點王崇古著重為朱載坖予以了解釋，青藏地理條件極為惡劣，官軍必須在熟悉適應了青藏的環境之后才好用兵經略青藏，而且現在青藏諸部對于大明來說是相對比較恭順的，至少能夠維持表面的朝貢關系，索南加措對于朝廷也很恭順，大明沒有理由在這個時候對青藏用兵。
而西域的情況也不成熟，對于朝廷來說，西域離大明太過于遙遠了，后勤補給極為艱難，朝廷必須等到河套的屯田有所成果了之后，在將道路修通，使得經略西域的大軍能夠有充足的后勤保障，再經略西域，才是穩妥的辦法，還有一個重要的問題，就是按照朝廷之前的規劃，將套虜、海虜驅逐出河套、青海之后，就是將他們向西趕。
大明要利用他們來攪亂西域的形勢，給大明經略西域提供借口，現在朝廷才剛剛將這些蒙古人驅趕到西域去，他們還沒有起到將西域攪亂的效果，在這個時候就用兵，是不劃算的。
而在東北用兵，相比于西北，是比較成熟的，首先大明在遼東、大寧等地的屯田、道路等設施都比較完善了，方便大軍調動，而且遼東的屯田也比河套要好得多，大軍出征的糧秣至少是不愁的，而且今年從大寧橫貫遼東經沈陽抵達大連的直道修通之后，朝廷通過海運補給遼東駐軍的軍糧就更加方便了。
而朝廷在遼東、大寧等處的官軍修整訓練了一段時間了，也應該拉出去鍛煉摔打一番了，更加重要的事情就是，雖然現在土蠻部被大明多次打擊，現在住牧于大興安嶺東南半部，暫時對大明構不成顯著的邊患，但是實際上土蠻一直在背地里拉攏女真、索倫等部落，準備對大明構成新的邊患。
這是朱載坖所不能容忍的，雖然之前土蠻也求貢過，但是土蠻只想和大明貿易，并不想接受大明的冊封，這是大明所不能容忍的，土蠻部還是認為自己是蒙古正朔是蒙古中央萬戶，之前他們是畏懼俺答汗的才遷移到東北來的，現在土默特部分裂臣服于大明，他們認為自己有行了了。
尤其是現在的圖們汗，又做起了蒙古大汗的美夢，圖門汗認為土蠻部乃是蒙古大汗直屬部落，其各鄂托克的領主歷來都由“黃金家族”達延汗的長子圖魯博羅特（大部分鄂托克）和六子斡齊爾博羅特（克什克騰鄂托克）的子孫承襲。現在是時候恢復成吉思汗的榮光了。
在給大明皇帝的上表中，圖們汗公然恢復了土蠻的舊稱，察哈爾部，這是對大明的公然挑釁，因為察哈爾是世代侍衛蒙古大汗的一支特殊的怯薛軍。它不是以血緣關系，而是以職業關系為紐帶，由萬戶、千戶、百戶等大小貴族子弟和蒙古精英人物混合組成的軍事組織。這是試圖重新恢復所謂的北元體制，朱載坖決不能容忍這種情況的發生。
當然，王崇古、戚繼光也不得不向朱載坖指出，土蠻部的做大，其實和朱載坖有密不可分的關系，為什么這么說呢？之前朱載坖在東北的政策主要是以防范女真做大為原則，朱載坖重點防范的主要是女真人，從嘉靖四十年以來，在朱載坖的決策之下，朝廷多次征討女真，不僅討平了王杲、覺昌安等對大明有異心的女真部落酋長。
為了持續的削弱女真的力量，朱載坖在對倭國用兵之后，多次從女真諸部中抽調力量，前往倭國，充當炮灰，這些行為都使得在遼東的女真人勢力大為減弱，從而給了土蠻部機會，這些蒙古人借著朝廷打擊女真人，在大興安嶺附近休養生息，雖然朱載坖后來也開始打擊土蠻部，但是并沒有對土蠻造成多大的損失，官軍往往是將蒙古人驅逐了事，并沒有大量殲滅蒙古人的有生力量。</p>