除了這些事情之外，科道言官們紛紛上疏，他們上疏的主要目的是認為徐渭在倭國權力過大，要予以限制，他們認為應該將安東都護府的屬官予以完善，加強內部制約，這點朱載坖倒是同意的，于是召見了閣部重臣，商量此事。
朱載坖將科道的奏疏給重臣們看過之后說道：“科道所言，倒是確有必要的，諸位怎么看？”
首輔張居正也認為科道的奏疏很有必要，不僅僅是為了限制徐渭的權力，防止日后的都護府藩鎮化，也是都護府現在權力結構所決定的，之前的安東都護府，僅僅是大明配置在倭國的一個軍鎮，主要任務是負責維護大明在倭國的利益，作為大明經略倭國的重要機構。安東都護的主要職責使命是偏向于軍務的，但是隨著大明深入介入倭國事務，現在安東都護府職能已經不僅僅局限于軍務了，而是大明在倭國的重要派出機構。
雖然倭國名義上仍然是大明的屬國，但是大明要通過安東都護府對倭國的方方面面予以管理，可以說日后的安東都護府就是大明的一級軍政機構，權力相當于總督、巡撫加在一起，不僅僅有專征之權，還要管理地方民政，權力之重，可見一般。所以必須配置相應的屬官，以負責大明在倭國的一應事務。
這點無論是朱載坖還是重臣們也都是明白的，所以朱載坖問道：“前唐所設都護府，其結構如何？”
有關這個問題，由新任東閣大學士羅萬化負責為朱載坖解釋，唐代都護府有大有小，都護府置都護、副都護、長史、司馬等職，掌統諸蕃，撫慰征討，敘功罰過。又置錄事參軍事、錄事、諸曹參軍事、參軍事等，如州府之職。有大、上、中之分，大都護府由親王遙領大都護，別置副大都護主府事。
朱載坖認為，安東都護府經略一國，職權自然是不小，要按照大都護府的建制來配置屬官，前唐的所有都護府中，級別最高，建制最完善的自然是安西大都護府，是大唐在西域的最高政治軍事機構其為維護大唐在西域的主權，都護府有著強大的軍事實力，總管西域的軍政事務，既是大唐在西域的最高行政機關，又是最高軍事指揮機關。其機構完善，官有定員，職有專任，所有軍事民政事務都有專門機構負責。
羅萬化為朱載坖加以介紹，大都護府的長官大都護一人，是主管官，從二品，是唐朝高品命官，其位僅次于三公，與尚書仆射同列，大都護職責明確，總攬軍政，比之節度使的權力可到大多了。
而在大都護之下，有副大都護二人，從三品。副都護二人，正四品。都護府機關直屬官員有長史，司馬，錄事參軍各一人，錄事二人，以及正七品級的功、倉、戶、,兵、法等各曹參軍各一人，主管機關日常事務及民政，賦稅，軍事，司法，人事，文秘等工作。這些是大都護府的本衙官員。
除了本衙官員之外，還有歸大都護府管理的安西四鎮節度使，他們的職責是撫寧西域。其安西節度使多由大都護兼任。節度使府署有節度使一人，副使一人，行軍司馬一人，刺官二人，掌書記一人，參軍若干人，隨軍四人。各羈縻都督府、州，有自己的武裝，其兵額不限，這也是大唐軍隊的組成部分，其主要任務是：平時鎮守封疆，維持本地區社會秩序，一遇戰事，則由安西、北庭兩都護憑朝廷所頒\"天子信寶\"調遣，來參與戰爭。
可以說大都護府組織完備，文武兼備，確實是有非常完善的一套管理體系，但是大明也不可能照搬前唐的制度，朱載坖很清楚，按照前唐的這個制度，大都護的權力太重，有形成藩鎮的風險，朱載坖在和重臣們商量之后，認為大都護本衙可以基本按照前唐大都護府的建制設置。
但是除了正二品的兵部尚書兼大都護之外，還要設立提督軍務總兵官，作為整個都護府的最高軍事統帥，其下設立各鎮總兵，由提督負責指揮，在戰時指揮權在提督手上，臨敵作戰，安靖地方等事務是提督的責任，原本的節度使自然是不可能保留的，取而代之的是各鎮總兵官，但是總兵官僅僅是負責軍務，并不負責民政事務，而且直接對提督負責。
除此之外，由于安東都護府還有實土衛所，還要設立一個安東都指揮使司負責管理這些衛所，在行政上由大都護管理，軍務、訓練上由提督軍務總兵官管理。
而朝廷還要向安東大都護府派駐官員，以負責監察，除了和大明內地一樣的巡按御史之外，還有負責糧秣、倉儲的戶部管糧郎中、管糧主事，由于大都護府的特殊性，原本應該由大理寺派出分司負責的刑獄工作，改由理藩院派出，負責對于屬國的刑獄、外交工作。
同時還有和地方一樣配置參議等官，一方面是作為大都護的幕僚，另一方向是作為都護府臨時派遣分守、分巡等官之用，朱載坖命令吏部和都察院在選拔這些都護府屬官的時候，要務必選拔德才兼備由年輕有為的官員，才能夠擔當重任。
新任吏部尚書楊巍向朱載坖推薦了棗強知縣南憲仲，認為他就上任之后制定出關心百姓疾苦、興利除弊的10項措施。主持修復舊縣城，注意節支。為安定社會秩序，他嚴懲豪強，破獲隱匿匪盜，審理疑難案件。已經連續三年考績上等，理應予以拔擢，朱載坖命人將南憲仲的資料取來詳細看過之后，特旨任命其為安東大都護府參議，負責大都護府的錢糧轉運工作。
安東大都護府最重要的職能之一就是獲取倭國的金銀，所以不僅是戶部要在倭國設立分司，少府監也要在倭國設立分支，負責倭國的貨幣流通兌換，金銀轉運等事宜。</p>