除了這些事情之外，朱載坖現在關心的還有大明的科技水平問題，之前從西洋引進了望遠鏡，官軍的高級將領們都認為這是軍國重器，有了望遠鏡，對于官軍的指揮來說是很重要的，但是大明之前不會制造無色玻璃，是用的水晶來磨制鏡片，使得造價高昂，不利于大規模生產。
大明之前就會制造琉璃，但是大明的琉璃多是有色的，而光學器材所需要的是無色透明的玻璃，在這件事情上，大明確實是不如西洋的，因為之前無色玻璃在大明沒有市場，作為一種奢侈品，無色玻璃不被人喜歡，而且要制造無色玻璃，需要純堿，石英砂、蘇打、石灰，在高溫下燒至熔融，再重新冷卻凝固，就形成了性質均勻的玻璃材料。
朱載坖通過這些傳教士重金聘請西洋的玻璃工匠到大明來，教授大明工匠制造無色玻璃的技術，同時將大明的化學工業予以發展，因為制造這樣的無色玻璃，需要大量的純堿，要以此為契機，發展大明的化學工業，大明的化學工業主要要從煉丹術中發展而來，這也是沒有辦法的事情，對于只有這幫道士有這方面的經驗。
而對于化學工業來說，最重要的莫過于三酸兩堿了，純堿大明已經有所了解了，硫酸大明也有所了解，唐高宗時，煉丹家孤剛子在其所著《黃帝九鼎神丹經訣》卷九中就記載著“煉石膽取精華法”，這樣煉出來的其實就是硫酸，所以朱載坖命令文思院，想辦法為玻璃生產提供純堿，不管是通過提純天然的鹵水還是采取其他的辦法，朱載坖只看結果。
而現在朱載坖最關心就是動力機械的生產問題，雖然說起來蒸汽的原理很簡單，但是要想將之實現，卻是不容易的，朱載堉帶領文思院的一眾工匠，弄了一年多，進展并不是很大，朱載坖于是親自前來查看情況。
對于蒸汽的力量，朱載堉等人已經是有了了解，就朱載堉向朱載坖介紹的，蒸汽力比千鈞，非人畜可及也，但是問題是怎么利用這個力量，朱載堉等人利用杠桿原理制造了一個機械，核心是一個氣閥，通過在遠端施加重物，使得汽壓能夠推動汽閥的短力臂向上運動。當高壓鍋內的壓力超過設計的安全值時，汽閥便會被推開，從而排出部分壓力，達到平衡后又會自動落回原位。
看起來這種方式可以實現對于蒸汽力量的使用，但是實際上不可行，因為以大明現在的技術能力根本無法制造出氣密性好的活塞，這就使得大量的蒸汽被浪費，這種結構無法提供穩定的動力，大明本土的工匠提出了一個設想，就是首先通過鍋爐將水加熱，使蒸汽充滿工作容器，隨后關閉入汽孔，讓蒸汽在此冷凝并形成局部真空。當這個容器與礦井下的水相連通時，外部的大氣壓力就會將水吸到高處。這樣的話，起碼可以讓這種機器有用，朱載坖支持了這個看法，重賞該工匠，給錦衣百戶銜，要求文思院繼續研制，直到制造出可用的動力機械來。
在朱載坖的直接干預下，軍器監開始大規模生產拉發式手榴彈，由于大規模量產需要在隆慶二十年才能夠開始，朱載坖于是將其定名為隆慶二十年式木柄手榴彈，命令裝備整個官軍。
同時就是開始預先調動各部官軍，為征討土蠻做準備，巡視九邊兵部尚書王崇古在巡視過程中還是發現了不少問題，由于大明和土默特實現了封貢，在加上東勝等塞外衛所的恢復，使得宣府、大同、山西等鎮官軍現在懈怠起來了，訓練敷衍，巡邊疏漏，官軍的戰斗力開始下降，朱載坖認為這不是好事，要調動宣大各鎮之兵，加以訓練。
還有就是寧夏、河套等鎮戰事不斷，從李成梁討平了青海之后，就將重心放到了寧夏等地，因為原本住牧在此的鄂爾多斯部雖然被官軍趕出了河套，但是仍然具備不弱的實力，李成梁多次率領官軍出戰鄂爾多斯部，將其擊退，但是蒙古人也不甘心失去河套，反復在河套與官軍爭奪，影響了朝廷在河套的屯墾，李成梁也多次上疏，請求大舉出塞擊敵，但是并沒有得到同意。
現在鄂爾多斯部頻頻南下，已經嚴重影響了整個陜西三邊的安定，出巡的兵部尚書王崇古也向朱載坖奏報鄂爾多斯部不斷襲擾，影響了朝廷在寧夏等地的屯墾戍邊，雖然沒有大的戰事，但是使得沿邊衛所隨時處于緊張之中，不能開展屯墾，也確實是個問題。
所以在和李成梁以及西北督撫大將商量了之后，王崇古也支持對鄂爾多斯部大舉用兵，王崇古在奏疏中建議，重創鄂爾多斯部使之向西遷移，將他們攆到西域去，使得西域的局勢更加混亂，才能夠為日后大明經略西域提供條件。
朱載坖收到奏疏之后，召集重臣們商量此事，按照王崇古和李成梁的奏疏，朝廷要調集榆林、延綏、寧夏、甘肅等鎮的官軍，同時從山西、大同兩鎮抽調援兵，跨過黃河，進剿鄂爾多斯部，將其從河套附近攆走，向西域趕。
對于這種作戰，官軍已經是非常熟悉了，因為蒙古是部落制，在平時并不會集結整個部落的青壯，而是分散在各個部落，所以官軍往往抓住這個時機，實施所謂的搗巢作戰，這也是官軍多年來的經驗，不過這種搗巢僅僅對沿邊部落有用，一旦距離遠了，蒙古人就會向草原深處逃亡，官軍往往不敢深入追擊。
不過朱載坖認為，確實是要對鄂爾多斯部加以打擊了，他們已經嚴重影響了朝廷在河套的屯墾，不過他們畢竟和土默特部關系匪淺，要征討他們，必須要提前和土默特部打好招呼，以免影響大明的土默特部的關系，朱載坖命令理藩院遣使順義王，說明情況。</p>