因此，朱元璋深知商業的作用，更知道商業的害處。明代的抑商政策，包含許多保護商業的條文，絕非一味抑商，目的是將商業的額度控制在一個最恰當的范圍之內。
為了從有限的商業份額中獲取最大的利潤，官營海貿是王朝初期較佳的選擇，而海禁以防遏私人海貿，亦成為必備的輔助措施。
不過官營貿易也有其機械化、僵化的弊端。明代朝貢貿易一開始缺乏限制，對于上門販貨者來者不拒，到永樂朝后期，因為進入市場的蕃貨過多，導致蕃貨貶值，就是很好的例子。
且由于宣德之后，明朝的政府控制力不斷下降，已經難以有組織有規劃地大規模進行官營貿易，所以明政府已經開始考慮放開私人海貿的口子。
到了明武宗在位的正德朝，便放開了對于東南亞海貿的限制。正德四年(1509)，一艘暹羅船遭風飄到廣東境內，按規定這艘船屬于非朝貢的私船，不準進行貿易，但廣東鎮巡官卻準許其貿易，征收其貨物稅以作軍需之用。
禮部官員對此做法予以肯定，認為“泛海客商及風泊番船”既非救書所招，又非舊例所載，不是朝貢船，不屬市舶司的職權范圍，應由鎮巡及三司官兼管。
廣東官員如此做法，明顯是否定了“有貢舶即有互市，非入貢即不許其互市”的朝貢貿易原則，它標志著明初中國與東南亞貿易從此進入了私人海外貿易的新時期。
至于正德朝之后，仍然對西洋與日本進行海禁。
西洋人心懷叵測，難以揣度。
而日本當時處于戰國時代，時局混亂，海盜海商往往混淆夾雜。
因此到了隆慶朝方才開月港徹底馳禁。
然而從明代的海貿來看，東南亞、南亞才是海貿收入的大頭，西洋與日本是否馳禁，在當時并不重要。
古代的海貿，參與的商民可以分為三種，小商民，中等商民，有官方背景的巨商。
而在中國古代農業社會重農抑商的背景下，新產生的巨商也往往會尋求官方背景，他們有的被拒絕并遭到毀滅性的打擊，比如嘉靖朝的汪直、徐海、麻葉、陳東等人，有的則因為為朝廷做出一定貢獻或其他的原因而得到許可，比如鄭芝龍，但得到官方最高許可是非常困難的，絕大部分的巨商尋求的是與地方官僚勢力勾結，官商互利。
海瑞的養孫海述祖，其父海中適憑借海瑞侄女婿，歷任貴州鄉試、兵部副使、湖廣巡撫、兵部左侍郎等職的高官梁云龍及其家族的庇護，就成為了海南的海貿巨富。
到了海述祖一代更上一層樓，富可敵國，海述祖曾經將38名上其大船的走私商人殺死在海上，奪取其貨物資財，然后謊報說狂風敗舟，幸憑擎天柱，遇救得免。
海述祖是否是走私，實際上頗有爭議，《觚剩續編》稱瀕海賈客三十八人，賃其舟載貨，互市海外諸國，以述祖主之，并沒有說是走私。
海述祖出海一事，時人皆知，或許是得到官方許可并納稅之后的正常出海。
且海述祖出海的位置，似正是瓊州。若是如此，則明代后期允許商民合法出海的位置，非止漳州月港一處。
明代的海禁政策，一直為無力買舟出海的小商民留下了足夠的生存空間。
即便是海禁最嚴格的永樂朝，小商民也可以選擇參與官營貿易。
到了正德朝開放異國與明朝的私人貿易，小商民更是可以在外國船上門交易時，與其進行貿易。
而這種貿易形式容易管理，在洋人為大清管理海關用火輪船打擊走私之前，一直是唐宋元明清各朝貿易收入絕大部分的來源。