南宋初年，趙構精簡機構，軍器監下轄的東西作坊并入御前軍器所，地方都作院也歸軍器所統轄，軍器監并入工部，但不久又復設，而御前軍器所雖然名義由工部和軍器監管轄，實際上卻由宦官提領。
軍器監和工部及戶部的權力紛爭很大，軍器監管理都作院之前，轉運使司統管地方財政，統籌地方資源進行各項建設，軍器監成立后兵器事務，都歸軍器監管理。
在行駛職能的過程中，軍器監只注重政績成效，卻忽略了財政上的負擔，軍器監發布命令，令地方修造兵器所造成的財政缺口，是軍器監和戶部矛盾的關鍵，因此他認為軍器監、都作院是戶部之害。
蘇轍提出將作監，都水監，軍器監都應隸屬戶部，由戶部決定其事之可否，費之多少，而工部決定其功之苦良和程作的遲速，如此方能使得工部無法辭其譴，而戶部也無從逃避責任，天下利出于一。
其核心內容是在中央把將作、都水、軍器三監交由工部、戶部共同監督，由戶部審定各項工程的預算，工部決定可行性，地方上原屬三監的事務由轉運使司負責。
宋初強干弱枝，對地方財政嚴格控制，哲宗朝后國庫日益空虛，地方轉運使司所支配的錢財有限，加上都作院制造兵器的消耗，財政捉襟見肘，因而戶部和管理都作院的軍器監的矛盾不免激化，于是將財政消耗的原因歸罪于軍器監。
蘇轍的建議被朝廷采納，軍器監開始同時受到工部和戶部的監管，以后軍器監遇有修造之事必須申請戶部，同意后方可進行，軍器監主導兵器修造的地位逐漸被架空。
對于軍器監和各個機構，在監管兵器事務上的矛盾，宋人記載中有明確的體現。靖康年間，金兵南下，勢如破竹。
時“有炮五百余座在郊外，不收入城，兵部則曰屬朝廷系樞密院合收，樞密院則曰自有所屬耳，軍器監，提舉官，內侍也方以罪去。京城所則曰，京城所掌守御也，未守御，何預于我哉。或謂駕部當理會，駕部則曰庫部何不收，終不能搬入城，既金人至城下，盡為攻城之用”。
金人兵臨汴京城下時，宋廷的各個機構依舊是相互掣肘，其事權不一，責任不明的弊端暴露無遺。
宋代重文抑武和政治變化對軍器監的影響也很大。
首先來看傳統儒家思想和重文輕武方針對軍器監的影響。
北宋立國，重文抑武，而文臣是靠科舉進入仕途的，深受儒家思想的影響。
儒學的發展和官僚政治的完善相輔相成，有宋一代，由于國家政策對文臣的明顯傾斜，文官的地位達到了歷史高峰。在這樣的方針之下，儒家思想對國家各項政策的制定和實踐產生了很大影響。
傳統儒家思想認為“國之大事，在祀與戎”，對于軍事國防是十分重視的，也會留意軍器修造事務。
宋代，儒家士大夫官僚對于軍事國防也是十分在意的，《武經總要》的編纂者曾公亮就是仁宗年間的進士，是真正的儒家士大夫，而熙寧變法的主導者，提倡強兵的王安石更是當世大儒。
可以認為，儒家思想對軍事國防和兵器修造，起到過有正面的作用，儒家官僚士大夫對于軍事技術的進步也是有所作為的。
但是這并不能說明把兵器事務放到十分重要的位置，儒家思想的核心理念是通過科舉考試，成為官員，為國家貢獻自己的力量。
宋代重視儒學和文化發展，文官待遇優厚，而科舉考試所必須的知識是儒家經學，在這樣的理念之下，士大夫即使是重視兵器事務，也僅僅是重政務而輕技藝。