應節嚴與小皇帝相處日久，雖然仍難以琢磨透其所想，但是也知陛下所做的事情都是為了復國，其中難免會有些幼稚和性急。不過其本性純良卻也不想傷害到誰，尤其是那些行朝老臣，畢竟這些人跟隨行朝歷盡艱辛不離不棄，盡管沒有功勞也有苦勞，否則換做他人早就展開清洗將那些異己清除出朝。
今日之事來的突然，甚至沒有與自己商議，以應節嚴來看并非自己失去了圣心，恰恰是陛下不想將自己卷入朝爭之中，一旦陷入僵局還有回旋的余地。而入學士院的三位老臣，以他看來陛下將他們視作幕僚更為恰當，畢竟那幾個人的歲數也不小了，難以在承擔繁重的政務，當下不過是敲山震虎給那些心存僥幸之人提個醒兒，并非想改變當前的局面。
劉黻現在顯然未能參透小皇帝的意圖，因而憂心重重，擔心陛下一怒之下做出沖動之事引發動蕩，由此可見其目的已經達到。畢竟在這危機四伏的時候，誰也不想引發朝政，尤其是作為首輔的陸秀夫和文天祥，再說小皇帝的話雖然強硬，卻也做出了妥協，并沒有強行推進文武同階，想他們二人也不會不明白這是陛下留給他們最后的機會。
眼見劉黻還蒙再鼓中，應節嚴自然要勸誡一番，不要曲解小皇帝的意圖，當下最主要的是要配合其完成軍改的第一步。且要注意一些人的動向，防止那些極端保守的士人鋌而走險威脅陛下的安危，同時要盡力協助兩位首輔做好軍改，避免有人借機制造謠言，形成逼宮之勢
軍改之事全面鋪開后，趙昺的事情自然也就多了起來，作為改革中變化最大的是兵部和樞密院，職司多有變動，主官也要重新遴選。經過會商后，吏部左侍郎高應松改任兵部，兼管兵部司、兵役司和輜重司；以殿前禁軍都統制江鉦調任兵部右侍郎，兼管步、水、騎、炮四司；蘇劉義為步軍司郎中，呂師文為水軍司郎中，黃顯耀為炮軍司郎中，馬發為騎軍司郎中。
樞密院仍以張世杰為樞密院使，劉師勇為樞密院同知，下轄步軍衙門和水軍衙門及職方司、統領司和機宜司。步軍衙門以趙孟錦為主官，水軍衙門以劉洙為主官，職方司以江宗杰為郎中，統領司以韓振為郎中，機宜司以原兵部侍郎茅湘暫代。
在上層調整完畢后，兩部要在一個月內完成移交并開始工作，可謂時間緊任務重。而軍隊可謂是趙昺的命根子，六品以上的文官，指揮使以上的將官調動都需他過目審查，以保證自己制定的方針能貫徹執行，所用非人，同時避免被人摻入沙子。
這次調整牽扯到數個部省，調動和補入的官員上百，但趙昺依然不敢大意，從事務局抽調人手會同御前辦對舉薦和擬任命的人員進行復審，標準就是家事清白，政治過硬，業務精熟，文官有在軍中任職的經歷，武人有領兵作戰的經驗。
如此一來工作量大增，不僅御前辦的人夜以繼夜的工作，趙昺當然也閑不下，淡泊閣的燭光常常徹夜不熄。而白日他除了參加例行的朝會外，還要召開堂議協調各個部門的工作，詔令眾臣進宮覲見詢問情況。加上因為此次軍改涉及編制的改動，不免引起人心浮動，他除了召集各部軍將進行解釋和安撫，還親自前往各軍巡視，以穩定軍心，可謂是工作夜以繼日，難得休息片刻
八月末各部終于在趙昺嚴厲敦促下完成調整，兵部和樞密院在經過短暫的內部整頓后，于九月中旬開始正常辦公，隨即對各軍的整編工作全面展開，而這項任務更加繁瑣和復雜。而此刻陳吊眼再次率軍攻下漳州，蒙元調集大軍進行清剿，一時間東南震動。