作為重要水源江河在受到污染的同時，城中的井水也屢遭污染。而趙昺作為現代人十分清楚，由于地下水是井水的來源，污染了地下水就必然會污染井水。所以，無論河渠、廢井，只要是污染了土壤就有可能造成井水污染。
由于這個時代的水井多為土井，井水與土壤之間沒有阻隔，所以土壤中的有害物質就非常容易對井水造成污染，特別是城市中街道、河渠污染嚴重，直接對土壤、地下水造成了危害，進而加重了對井水的污染。而城市中人口眾多，商家林立，每口水井都承擔著很大的供水任務，垃圾的掉落也極易造成井水污染。另外，由于水井使用頻率非常高，致使井水缺乏自凈時間，經常處于渾濁狀態。
此外，城中還有一個不可忽視的污染源存在。由于手工業的日益發展，印刷、絲織、印染及造紙都是污染大戶，再加上軍工作坊逐漸北遷到京城，而這些作坊一般都是臨江湖建設，也成為水源惡化的重要因素。
現在要解決這些問題，趙昺清楚不僅是場浩大的工程，且也需強硬的手腕和堅決的態度，同時也是對朝廷執政能力的考驗