劉秀在河內郡站穩了腳跟，他決定要除去在鄴郡的謝躬，吳漢又被派去打了前站。
吳漢趁謝躬出城去對付王校農民軍的時候，秘密地去拜訪了同在鄴城的魏郡太守陳康，他把大道理向陳康一擺，陳康立刻便接受了。陳康迅速地控制了謝躬的部將和家小，在謝躬返回鄴城之時，吳漢和岑彭的伏兵齊出，合力生擒了謝躬，于是，河北的大部分的地區，都歸入了劉秀的版圖。
劉秀便親率大軍北上，去繼續征討銅馬、王幡等農民軍，以便徹底地安定北方。
銅馬農民起義軍，是一支人數眾多的農民起義軍，他的人數多的時候，也達到了三十多萬個人。因此，它是赤眉軍、綠林軍以下的，最大的一支農民起義的隊伍，聲勢非常浩大。但他它有一個特點，它一直在中國河北的北方活動，從未進入過中原一步。因此，它從來也沒有參與過逐鹿中原。
但劉秀是要逐鹿中原的，他如果要逐鹿中原，那銅馬起義軍便成了他的最大的后顧之憂了。
就在劉秀準備出兵北上的時候，更始帝任命的常山郡太守鄧晨，帶了一千多弓弩手和糧草輜重，以及南陽郡冠軍人杜茂、南陽郡棘陽人馬成，也從千里外趕來追隨，但劉秀顧不上與姐夫敘舊了，他只能踏上了征途。
吳漢、耿弇為先鋒，劉秀軍在元氏大敗銅馬軍，然后乘勝追到了河北的徐水一帶。農民軍被迫背水一戰，反而將漢軍沖得滿山的潰退，兩軍短兵相接，軍況一片混亂，劉秀被打得往回而逃，不慎被樹枝掛到了馬下。他退到高高的河岸上，眼看無路可逃了，一名騎兵連忙把自己的戰馬讓給了劉秀，但劉秀仍然很鎮靜，他笑著對身后的耿弇說：“差點讓賊兵笑話了。”耿弇指揮手下的幾十個騎兵，左右地沖殺著，終于殺出了一條血路，劉秀方才得以脫險。
漢軍大隊撤了回來，怎么找也沒有找到劉秀，便都以為他已經死了。吳漢站出來激勵著大家說：“大家努力，蕭王的侄子還在南陽，還怕沒有主公嗎？況且蕭王身負重命，怎么會輕易死了，昆陽大戰，三千騎沖入了是四十二萬的大軍，他還不是照樣安然無恙嗎？”大家才定了定心神，但是等了不多一會兒，劉秀就回來了，大家這才放下心來。但農民軍也不知道漢軍的虛實，趁夜向北逃去了。
劉秀便率軍尾隨追擊，在渤海郡的安次縣，又斬首了數千人，農民軍又繼續逃亡到幽州地界，吳漢、耿弇、陳俊、馬武等將兵分合進，接連在潞縣、平谷又大敗了敵軍，從而，基本殲滅了河北的大部分的農民軍。
在南線上，劉秀派馮異出兵河東。馮異采用了攻心的戰術，他給洛陽的李軼寫了一封信說：“我聽說明鏡可照形，博古可通今，微子離殷入周，項伯叛楚而歸漢，周勃廢少帝而迎文帝，霍光廢昌邑而立宣帝，這些都是敬畏天命之興廢存亡，立萬事功業的明智之舉，即使更始帝坐穩了江山，季文你與他關系疏遠，豈能長保富貴？如令長安混亂，赤眉軍兵臨而大臣背叛，已經是分崩離析、綱紀掃地的了。蕭王甘冒霜雪、經營河北。目前已英雄云集、百姓風靡。上右的圣王也不過如此，你如果能夠覺悟，棄暗投明是正當此時，等到大軍壓境悔之晚矣。”
李軼當年曾鼎力支持劉秀起義，后來又設計害死了劉縯，是一個典型的反復無常的小人。這正是馮異重點策反他的原因所在，李軼急忙回信說：“我本與蕭王共謀大事，早已結成生死之交，現在我守洛陽，馮將軍守孟津，我們占據了天下的中杻，二人同心、其利斷金，希望將軍能把我的意思上達蕭王，我愿意出謀劃策、輔國安民。”馮異把書信轉給了劉秀，因路途遙遠，書信傳遞期間，李軼便不再與馮異為敵。
馮異趁機攻克了天井關和上黨郡兩座城池。解除了北面的后顧之憂。又在下游渡過了黃河，拿下了虎勞關以東的十三個縣，在黃河的南岸建立了橋頭堡。更始軍一部前來收復失地，都被馮異一、一地擊退了，但李軼還是按照約定，從不進行救援。
劉秀接到書信之后，卻忘不了李軼主謀殺兄長的大仇，便把李軼的來信，公之了于眾。
洛陽的朱鮪得到了消息，大怒之下派人刺殺了李軼，然后派蘇茂渡河攻擊溫縣，但馮異和寇荀合兵一處，沖出迎擊蘇茂，蘇茂軍被一沖而散、傷亡慘重，漢軍乘勝追擊到了洛陽，全副武裝地繞城一周，從此以后，洛陽的守軍連大白天都關緊了城門，再也不敢出城北門一步了。