更始帝劉玄在李松、趙萌的迎接下，重新返回了長安。
赤眉軍聽到長安大亂的消息，便加速挺進的步伐，赤眉軍到達了高陵后，王匡索性投降了赤眉軍，并引導著赤眉軍，向長安發起了進攻。
劉玄派李松出去迎戰，但李松戰敗了，陣亡了兩千多人，李松被赤眉軍俘虜了。而李松的弟弟李泛，卻正好是長安城守城的校尉，赤眉軍押著李松進行要挾，李泛便立即打開了城門。
九月，赤眉軍進入了長安。
更始帝劉玄一個人騎著馬，匆匆地往城外逃去。他從廚門而出，許多婦女從后面追了上來，連聲地大叫：“陛下你應當下馬謝城。”更始帝劉玄便下了馬，在地上拜了四拜，然后又騎上了馬，一溜煙似地逃出了長安城。
當初，侍中劉恭因赤眉軍擁立了其弟劉盆子為帝，就自縛到了監獄里請罪。現在聽說更始帝出逃了，他便離開了監獄，步行追隨更始帝到了高陵，在驛站里住了下來。
右輔都尉嚴東，怕放跑了更始帝以后，赤眉軍會不放過他的，便率軍駐扎在了驛站的外面，名義上是屯兵保護更始帝，而實際上卻是看住了他。
赤眉軍派人送來了勸降信說：“如果圣公肯投降，就可以封他為長沙王，但只限二十天，二十天過后這個承諾就無效了。”
更始帝劉玄便派了劉恭，去向赤眉軍請降了。赤眉軍派出了他們的高級將領謝祿，前往高陵接受了更始帝的投降。
十月，更始帝劉玄，隨著謝祿赤著上身來到了長樂宮，將皇帝的玉璽獻給了劉盆子。赤眉軍的將領們，大聲地怒罵著更始帝，并把他拖到了庭園中，準備要殺了他，但劉恭、謝祿都為更始帝說情，可赤眉軍的那些個將領沒有答應，還是把更始帝帶走了。劉恭追了上去，大聲地叫道：“我是極力護衛圣公的，就讓我先死在圣公的面前吧?”他拔出了寶劍，打算自刎而死，這事感動了赤眉軍的統帥樊崇，樊崇便下令放下了劉玄。
于是赤眉軍便赦免了更始帝，并封他為畏威侯，但劉恭再次為更始帝求情，說赤眉軍招降時說過要封劉玄為長沙王的。因為劉恭是劉盆子的大哥，因此赤眉軍在無奈的情況下，便封了更始帝劉玄為長沙王了。
更始帝劉玄，一直便跟著謝祿，以便得到謝祿保護，而劉恭也寸步不離地保護著劉玄。
這時的赤眉軍，軍紀早已無比地敗壞了，他們在長安城里大肆地燒殺搶掠，把京都三輔都置于水深火熱之中了。老百姓反而都想念起更始帝劉玄了。因為劉玄當皇帝的時候，老百姓都還算是太平一些。張卯對此事深深地擔憂，他對謝祿說：“現在各營的統軍都想奪取圣公，將軍一旦失去了圣公，大家就會合兵一起來攻打你，你、我就會自取滅亡了。”
于是，謝祿便派親兵，與更始帝一起到了郊外去牧馬，密令親兵把劉玄縊死了。
劉恭得到了消息，連夜去為更始帝收了尸。
臘月初八，樊崇讓劉盆子坐在了大殿上，由他主持了登基的大典，但是，赤眉軍是一幫無組織的軍痞，大家都帶著武器上朝，也沒人排座位，連賀表也沒有人寫。三三五五的、拉拉扯扯的，大司農楊音實在看不下去，于是便破口大罵：“一幫下賤的東西，今天君臣敘禮，竟搞得亂七八糟、形同兒戲，全部都該殺。”于是，眾將在大殿上就打了起來，外面的衛兵也沖進來爭搶酒肉，等禁衛軍的軍官帶兵沖了進來，一連殺了一百多個人，才剛剛把場面控制了起來。
這劉盆子的登基大典，便也終于完成了。