在鄧奉事件發生的同時，賈復與陰識、劉植率軍攻克了潁川后，轉兵鋒于汝南，劉秀便改任了冠恂為潁川太守署觀著郡務。賈復的部將在潁川殺了人，冠恂執法如山，將那個部將在市場上斬首示眾了。
這戰爭的時期，往往法紀都沒有這么嚴的，往往都沒有這么認真的，再加上兩大集團本來就矛盾重重，賈復便發出了狠話：“我跟冠恂官職并列，現在被他羞辱，此仇不報非君子，我一定要親手殺了冠恂。”
但冠恂是個很明白的人，他故意躲著賈復、冠恂的手下不滿了，要求帶劍護衛冠恂，以防遭到賈復的傷害，但是，冠恂卻說：“當年藺相如不怕秦始皇，卻躲著廉頗，是為了國家的安定，我怎么能連古人也不如呢？”他還下令各縣沿途歡迎賈復，自己卻稱病不露面，賈復還是余怒未消，喝了酒吃了肉，還要找冠恂算賬，但他的將士們都喝醉了，他也只得作罷了。
劉秀親自給冠恂和賈復進行了調停。他先勸賈復：“君文啊！你我同鄉，從小就認識，我們都是從小讀詩書的人，我讓你做破虜將軍，做執金吾大將，這都是我以前做過的呀，我就是待你像自己一樣啊！現在大敵當前，一定不可以意氣用事啊？再怎么說，冠恂也是秉公辦事啊！”
劉秀又同時叫來了冠恂，冠恂一進殿，見賈復已經在座了，就轉身準備離開，但劉秀叫住了他，對他們說：“如今天下未定，你們兩虎相斗必有一傷，朕既不能少了你，也不能少了他，因此朕特來和解。”
賈復同冠恂都是讀書人，也都是通情達理的，皇上出來勸解，還有不服的嗎？于是這最大的一件內亂的事情，終于給劉秀解決了。
劉秀派鄧隆前去征討彭寵，卻被彭寵殺了一個片甲不留，岑彭于是帶兵包圍了薊縣，薊縣被岑彭包圍了一年多，城中的糧食都早已吃凈，緊接著天上的麻雀，地上的老鼠也都被吃光了，許多家人家便易子而食。每家人家死了人，都不敢哭，因為一哭，鄰居便會知道，那死的人就會被鄰居吃了。據說二十年后，有一名守衛薊縣城的老卒，退休后賦閑在家，那一天正從茶館里出來。突然有一個三十來歲的青年，在大街上攔住了他，并在他的面前點著了香和燭。街上的眾人不明所以，圍了一個水泄不通。那個三十來歲的人，跪在了那個守城的老卒的跟前，不往地磕起了頭來。那個老卒把他拉了起來，問他為何原因，誰知那個青年說了一番話，把圍著的眾人，直笑得牙齒都掉滿了一街。
那個青年說：“二十年前，我躲在房間里，親眼看見你吃了我的爹，我不敢聲張，怕你連我也吃了，今天是清明節，按理我要祭掃祖墳，但我的父親在你的肚子里，所以你的肚子就是我的祖墳了，那我不這樣祭，你能叫我怎么祭呢？”
這可見當年薊縣被圍的慘烈的情景了。
朱浮在最后的時刻，殺了自己的妻子，正準備自殺的時候，下屬來報說耿況來救，他在耿況的幫助下，才單騎逃回了洛陽。
劉秀的親人沒有幾個了，劉良是他的親叔父，又是從小養育他長大的，而朱浮是劉良的故舊，按律朱浮亂治幽州，逼反了彭寵，勞動王師多次遠征，又不敢以死明志，但又怎么樣呢？劉秀任命他為執金吾大將，負責京師的治安了。
彭寵也沒有好的下場，他總覺得火爐下面有蛤蟆叫，但扒開尋找卻什么都沒有，他去算了命，算命的說這是內亂的征兆，他想了又想，覺得最有可能是自己的堂弟彭子后，于是就讓他出外帶兵，無事不得入見。
彭子后受到了彭寵的猜疑，決定先下手為強，他暗中買通了彭寵的三個家臣殺了彭寵，拿了彭寵的腦袋去了洛陽，拖了四年之久的彭寵的漁陽之亂，終于被劃上了句號。