于是明瑞和阿桂分別率軍南北圍困，最終城內敵軍糧盡，擒額色木圖拉投降，
但是乾隆帝認為，阿桂在平定烏什叛亂中，遲延并且有損朝廷威儀，奪去其官職，命駐守雅爾城，
不久又罷免其尚書之職，讓其到伊犁幫助明瑞處理政事，阿桂則奏請將雅爾城移到楚呼楚
乾隆帝允許，乾隆三十二年，阿桂被委任為伊犁將軍。
乾隆三十年，清軍已經開始對緬甸用軍，但是接連不利。
乾隆三十三年新任云貴總督明瑞征緬兵敗，自盡身亡。
同年二月，乾隆皇帝再次出兵，任命傅恒為經略，阿桂、鈕鈷祿阿里袞為副將軍。
同年六月，阿桂以兵部尚書身份任云貴總督；
同年十一月，阿桂抵達云南永昌后，便與阿里袞率軍攻取緬甸舊都木梳。
阿桂在蠻暮督促湖廣船匠建造戰船，準備從金沙江進攻緬甸。
阿桂上奏到傅恒到前線之后，再行進攻老官屯，并重點說明了軍糧不足的情況，此舉被乾隆皇帝認為是怯懦，免去阿桂副將之職。
同年九月，傅恒來到前線，清軍開始三路出兵，阿桂在率領新打造的戰船出大金沙江，與傅恒等會師。
“阿桂先是伏兵于甘立寨，取得了一些勝利，最后與其他兩路清軍一同圍攻老官屯。”
“因為緬甸極力抵抗加上清軍水土不服，士兵大量病亡，副將阿里袞病故，傅恒身患重病，乾隆皇帝命令阿桂全面負責撤兵事宜，乾隆三十四年阿桂與緬甸方面議和。”
“同年十二月阿桂被任命為禮部尚書，留下善后。”
“乾隆三十五年，阿桂兼任鑲紅旗漢軍都統，奉命到騰越待緬人入貢，并派遣都司蘇爾相拿著文書前往老官屯和緬人交涉，被緬人扣留，”
“并且給了回信要求歸還木邦等三土司，乾隆帝罷免了阿桂的尚書和都統官職，”
“乾隆三十六年，阿桂上疏請大舉征緬，并入朝陳述機密，被乾隆帝下詔問責奪取官職，仍留在軍中效力。”
“乾隆三十六年，清朝軍隊對大小金川的征討不利，乾隆帝命大學士、定邊將軍費莫溫福自云南赴四川進兵征討，阿桂隨軍奔赴金川戰場。”
“同年十二月，阿桂代理四川提督，清軍分兩路進攻小金川，阿桂隨溫福自汶川出西路，阿桂領軍一路沖殺，連克巴郎拉、達木和巴宗各寨。”
“次年二月，阿桂從西路進攻喇卜楚克，成功攻破并奪取普爾瑪寨，同年七月總督桂林在墨壟溝失利，被奪職，阿桂被任命為參贊大臣到南路去進剿敵軍。”
“阿桂到南路之后，趁著敵軍懈怠，派軍潛入到墨壟溝，在夜里趁著大霧占領此地，攻入僧格宗，毀掉敵軍建立的碉堡，殲敵無數，被授予副將。”
“接著阿桂和其他將領一起向美諾進軍，在十二月攻克美諾都喇嘛寺，小金川首領僧格桑只得率殘兵向大金川逃竄，清軍命令大金川首領索諾木交出僧格桑，遭拒，于是阿桂等奏請三路進攻大金川。”
“乾隆三十八年阿桂等一起進攻大金川，起初清軍連奪叛軍幾個碉卡，進展頗為順利。”
“溫福指揮失當并戰死，戰局發生逆轉。索諾木擊敗溫福軍后，乘勝占據小金川。”
“阿桂聞變，毫不慌亂，親自斷后，將所部安全地撤至達河。”
“清軍兵敗，乾隆大怒，調銳健和火器營，任命阿桂為定西將軍，阿桂指揮清軍攻下資哩，攻克美諾，七天就平定小金川，”