對于趙貞吉的看法，理藩院署院事茅坤并不認同，他對朱載坖說道：“陛下，臣以為事涉宗系，于朝鮮為至重之事，于大明亦是如此，大明為天朝上國，理應辨明冤枉，若事情屬實，可以安撫朝鮮，使之誠心歸順，若事不屬實，則以明示朝鮮，以絕其望也！”
茅坤認為大明應該重視此事，將此事認真的查一查，若是屬實，就應該予以改正，正好可以安撫朝鮮，若是朝鮮人編的，也好讓朝鮮人不再糾纏此事了。
朱載坖認為茅坤說的確實是個辦法，便命令翰林院、禮部、理藩院詳查此事，將此事的來龍去脈搞清楚，由大學士陳以勤負責此事。
同時給朝鮮下旨，他們既要申訴所謂的宗系辯誣之事，就要向大明提供相應的證據來說明此事，同時令王錫爵在朝鮮就近調查此事。
很快翰林院就將皇明祖訓上的有關朝鮮宗系問題的由來搞清楚了，并且條陳上疏到朱載坖的案頭了，李成桂在正式篡奪高麗政權之前，先是擁立了一個傀儡恭讓王，這引起了當時仍然忠于高麗的一些臣子的不滿，兩個高麗官員尹彝、李初逃到明朝，控訴恭讓王非高麗王室子孫，而是李成桂的姻親，在廢立后圖謀侵犯大明，又說李成桂是高麗已故權臣李仁任的兒子，希望大明能出兵討伐。
雖然太祖皇帝并沒有出兵，但是相信了這兩個高麗臣子的話，認為李成桂是李仁任之子。
因為在太祖眼中，高麗也算是比較親近大明的藩屬了，朱元璋即位之后便遣使賜璽書，又送還高麗流人，向高麗表達和平誠意，高麗國王王顆也向大明朝貢，接受大明冊封，奉明正朔。所以最開始太祖認為高麗人知經史，文物禮樂略似中國，非他邦比。
但是很快，高麗國內政局就發生動蕩，親元的李仁任弒君，另立國王，再次向大明請求冊立，這導致了朱元璋的不滿，朱元璋當即拒絕了李仁任的要求，并且說道：“其弒君已久，今始請謚，將假吾朝命，鎮撫其民，且掩其弒逆之跡，不可許。”
由此大明和高麗的關系急轉直下，李仁任等親元勢力膨脹，崔瑩秉權后又有攻遼企圖，洪武二十年，大明在遼東設置鐵嶺衛，激起了兩國在遼東邊界上的沖突，高麗國王停用洪武年號，恢復元朝冠服，命令崔瑩、李成桂率軍進攻遼東，李成桂認為不能和大明開戰，于是發動兵變，弒君殺臣，先后立辛昌、王瑤為王，李成桂掌控高麗大權。
在李成桂自立之后，一直采取依附大明的政策，但是太祖皇帝對于高麗四位國王連續被廢被弒及李成桂在邊界挑起的事端極為厭惡，雖然李成桂一再請求大明冊封，但是終太祖一朝，對于朝鮮都是極為冷淡的。
太祖在給李成桂的詔書中明確說道：“為昔高麗陪臣李仁任之嗣某，今名某者，今觀李某所為，似非奉帝命主生民者，彼若肆侮不已，問罪之師，在所必舉！”
李成桂當時就上疏辯駁了，李成桂在給太祖皇帝的奏疏中說道：“臣于仁任，本非一李。自臣與聞國政，將仁任所為不法，一皆正之，反為其黨所惡，至有尹彝、李初逃赴上國，妄構是非，尚賴陛下之明，已伏厥罪。然其黨與，潛伏中外，忌臣所為，至今紛紛不己。”
但是太祖并不相信李成桂的說法，還是相信尹彝、李初的說法，并且通過皇明祖訓將李成桂的出身問題及弒殺高麗四王的問題確定下來，這就造成了朝鮮的所謂宗系辯誣的問題。
同時，成祖當時準許改正的承諾和《大明一統志》的更改成為后來朝鮮圍繞《大明會典》辨誣的依據和明證，常被朝鮮使臣在辨誣奏文中提及。這就讓大明君臣確實是很為難了，一面是太祖萬世不易的皇明祖訓，一面是成祖的上諭，確實是讓后世的君臣難辦，他們都相信后人的智慧，但是現在應該怎么辦？
朱載坖很清楚，看起來這是朝鮮王室的所謂宗系問題，但是實際上是朝鮮的正統性問題。現在由于年深日久，李成桂的出身問題和他弒君的問題已經糾纏在一起了，這事得難點就在于，李成桂的篡位確實存在弒君行為，而李仁任也曾弒君，所以這也是太祖愿意相信李成桂乃其子的原因，若兩者有其一成立的話，那么就很容易造成另一方面也是事實的印象，這對于朝鮮王室來說是難以接受的。
畢竟一個接連弒君的開國之君，會使得朝鮮王室的正統性不足。而民間野史是最樂于傳播這些的了，所謂野史不一定是史，但是肯定夠野，這種什么父子弒君的倫理大戲，怎么可能不是百姓喜聞樂見的，所以不僅是皇明祖訓對此事予以記錄，大明的很多官員們也相信此時。
在朝鮮方面的奏疏中，就羅列了大明官員的著述，原刑部尚書鄭曉所著《吾學編》、故工部尚書雷禮所編《皇明大政記》、原任按察僉事王釔所著《續文獻通考》、原任按察僉事馮應京所纂《經世實用編》、原任吏部主事饒伸所輯《學海危言》、原南京刑部尚書王世貞所纂《弇山堂別集》、原刑部尚書黃光升所著《昭代典則》、故都督僉使萬表所錄《艾集》、故吏部尚書李默所纂《孤樹哀談》，都認為李成桂是李仁任之子，他們父子連弒四君，建立了現在的李氏朝鮮。
李昖在給朱載坖的奏疏中極為憤慨，認為無其實而被惡名，流布天下，實所痛心，李仁任于李成桂宗系各別，伏望圣慈垂察，令李氏宗系，得蒙改錄，一國幸甚。請求大明父母之邦，予以辯駁，為李氏朝鮮正名。
而在大明收集相關資料，查證此事的時候，在朝鮮的王錫爵也奉旨調查此事，朝鮮人將朝鮮國史取出，請求大明天使查閱。</p>