因為朝廷實行了海漕并舉之后，漕糧的主要部分是從松江府起運通過海運到天津的，原本的漕運地位降低，朝廷對于運河的投資肯定是會減少的，但是朝廷也做了相應的補救措施，因為運河現在仍然是溝通南北的重要手段，所以朝廷命令在運河上設立鈔關，提高運河的過路費，然后從鈔關稅收中拿出一部分來作為修河費用。
但是現在看來，這部分費用顯然沒有落到這些修河的百姓手上來，因為就朱翊釴的巡視所見，山東各州縣仍舊是采取僉發的形式直接征調百姓來修河，這就導致百姓繳納了折色賦稅，卻還要被拉來修河，不過地方官府也不敢做的太過，倒是管了飯，朱載坖得知消息之后立即將命令都察院查察，對于這些貪官污吏，絕不姑息。
同時朱載坖命令朱翊釴先赴南京，祭拜孝陵之后先送端王之國在巡視浙江等處。
沒了朱翊釴的幫助，朱載坖的工作量就變大了，基本上都是在文華殿批閱奏疏，每晚都要到深夜才能夠結束。朱載坖最近比較關心的是有關安南的事情，據兩廣總督殷正茂奏報，安南都統司現在不是黎朝的對手，很多黎朝舊臣或隱匿山林，或逃往外國，或隱名埋姓，歸之者寥無幾人。更有慷慨激昂之士，因痛恨莫氏奸惡行為而聚集義士，起兵攻伐，面對黎朝的反攻，安南都統司根本無力招架。
據殷正茂的奏報，安南黎朝僭越帝號，封翼郡公鄭松為都將，節制各處水步諸營，兼總內外平章軍國重事太師、諒國公。凡閫外兵權，國家事務，謀略籌劃，遠近封拜，皆得便宜裁決然后奏聞，鄭松也在積極謀劃消滅莫氏和安南都統司，雖然大明已經多次予以干預，但是鄭松根本不為所動。
殷正茂在奏疏中說：“黎莫交構已久，未揣存絕，先年姑待莫登庸不死，許備藩籬。一旦遽稱鄭松假稱黎氏，迫逐敦讓亡命至此。查得莫茂洽若果被害，敦讓系彼尊屬，或懼及禍。但既稱莫敬邦與鄭松交鋒未決，因何先事告急，能無他虞？獸窮則斗，驀近內境，能無驚擾？”
殷正茂擔心的是安南的內戰影響到大明的兩廣，而且黎朝來勢洶洶，看來極不恭順，所以殷正茂請求朝廷早做處斷，朱載坖在收到了殷正茂的奏疏之后，連夜詳細查看了相應的情況之后，第二天就召集重臣們商量此事，對于安南的事情，一部分臣子認為應當鎮之以靜。
次輔張四維就說道：“陛下，蠻夷易姓如弈棋然，不當以彼之叛服為順逆，惟當以彼之叛我服我為順逆，斯機權在我，無庸以蕞土而遽興兵。顧維潭將恢復是圖，而茂洽故職方之貢臣也，倘如先朝故事，命大臣致討，聽其款關請罪，比諸漆馬江，以不翦莫祀。”
張四維的意思很明確，就是仿效嘉靖年間對安南的處理方式，威嚇黎朝納降請封，并給予莫氏一定的保護。
但是首輔張居正、兵部尚書徐渭等人并不是這么認為的，這次安南已經觸碰了大明的底線了，不僅僅是在國內僭越帝號，更重要的是在和兩廣總督殷正茂的文書往來之中，擅自加蓋安南國王金印，這對于大明來說是絕對不能容許的，徐渭也是這么認為的。
徐渭說道：“陛下，彼輩擅用金印，僭稱帝號，叛逆昭然，如不早加剿除，必成后日之疆患也！”
這點朱載坖也認同的，這幫猴子確實不是什么好東西，但是現在京廣直道尚未修通，朝廷又在準備征討土蠻，大明不可能兩線準備大戰，這點朱載坖還是很清楚的，但是現在黎朝已經非常之囂張了，對于大明的再三警告，置若罔聞，加緊對于莫氏的進攻，如果大明沒有反應的話，天朝的威嚴何在？
張居正的建議了一面加緊修通京廣直道，另一面在兩廣囤積糧秣等戰爭物資，還要威懾黎朝，明確傳檄黎朝：“恭順則臣妾、叛逆則俘虜。”
對于張居正的建議，朱載坖認為是可行的，但是朱載坖認為光放狠話對于黎朝是不怎么管用的，因為黎朝始終有些輕視大明，他們認為當年能夠將官軍趕走，是因為他們善戰，所以一向不怎么恭順，朱載坖認為必須要給黎朝一點顏色看看，同時又不能擴大戰事，畢竟大明的緬甸和安南相鄰，現在還沒有準備好。
蓬萊侯戚繼光說道：“陛下，可否動用水師？”
朱載坖讓戚繼光詳細闡述他的方略，戚繼光的看法很簡單，如果調動官軍的話，很容易擴大事態，而且兵馬調動，糧秣轉運，耗費不菲，朝廷要的是展示武力，威懾安南，那么水師就是很好的手段，安南國土狹長，重要的城市都在沿海，而且安南水師和大明水師相比，約等于沒有，動用水師是最安全穩妥的。
朱載坖同意了戚繼光的建議，命令戚繼光和練兵軍務處、水師衙門一道確定方案，然后傳令南洋水師執行即可。
戚繼光查閱地圖和海圖之后，很快向朱載坖上疏了，他建議炮擊安南的清化，因為這里是偽黎朝太祖黎利的故鄉，也是現在安南黎朝的東都，地位重要，而且臨海，便于官軍發揚火力，而升龍府在紅河三角洲西北部，紅河與急流江的匯合處，距河口二百里，不便于水師炮擊之后撤走，炮擊清化既能夠展示大明的實力，也能夠將事態控制在最小范圍內。
同時朱載坖還明確下詔，對安南絕貢，朱載坖詔令禮部及相關地方督撫：“絕安南國朝貢。”
朱載坖在詔書中明確說道:“大明統一萬方，天子文武圣神，以仁義禮樂君師億兆，故凡華夏蠻貊，罔不尊親。際天極地，舉修職貢。自生民以來，未有如今日之盛者。蕞爾安南，兇頑成性，殊未革心，前后表聞，類多不實。每懷詭誑，罪極難宥，朕嚴旨再三，口云從命，侵凌不止。積其奸惡，嘗包禍心，蓋天攸棄，豈宜馴養。自今已后，勿聽朝貢。”</p>