次年四月，都御史楊一清、太監張永聯名揭發劉瑾謀反篡位，劉瑾翌日伏法被誅。
及至十月，王陽明奉旨回朝，出任南京刑部清吏司主事，隨后朝覲入京。
正德七年十二月，升任南京太仆寺少卿。
正德九年四月，又擢南京鴻臚寺卿。
此后兩年多，王陽明棲居南京期間，弟子門人大增，除處理政務及論道講學外，王陽明的大多精力都用在了選輯《朱子晚年定論》上。
明武宗正德十一年八月，經兵部尚書王瓊舉薦，王陽明又擢升都察院左僉都御史，巡撫南、贛、汀、漳等地。
“王陽明赴任之前，南中地帶已是盜亂四起，南贛汀漳巡撫連換數任均不能止兵息戈。”
“山賊聚結守險，搶劫商賈，對抗官府，規模越鬧越大，南安府屢次破城，官員被殺，百姓受害，局勢常常處于失控狀態。”
“王陽明上任伊始，少年習得的軍事韜略和精湛武藝便開始嶄露頭角，他在調查研究敵情的基礎上，通過夜審老吏、截獲情報，清除內奸、行十家牌法，組建民兵、操練軍隊等一系列手段，很快掌握了南贛平亂的主動權。”
“隨后，王陽明或用重兵圍剿，或用謀略智取，先后平定了漳州詹師富、溫火燒，招安了龍川盧珂，清剿了橫水謝志山、桶岡藍天鳳、浰頭池仲容等多處賊寇。”
“短短一年三個月，王陽明率領書生和偏裨，便將為患數十年的盜亂鏟除殆盡，取得南贛大捷，旋即晉升右副都御吏，受封世襲錦衣衛百戶，再晉副千戶特權。”
“明武宗正德十四年正月，王陽明因祖母病重提出致仕，未獲批準。”
“同年六月，奉命前往福建戡處叛軍；”
“十五日途徑豐城時，得知寧王朱宸濠在南昌密謀造反，王陽明旋即潛回吉安，先后于十九日、二十一日緊急奏陳《飛報寧王謀反疏》《再報謀反疏》。”
“與此同時，手無兵權的王陽明，一邊督率吉安知府伍文定等，力邀江西在任及致仕官吏備戰，在袁州聚集各道兵馬，加緊征調糧草、制造兵械戰船；”
“一邊又假裝傳檄各地赴江西勤王，施以離間計致信寧王朱宸濠的左右偽相，令其不敢輕舉妄動。”
“及至七月一日，勤王兵卒未到，發現中計的朱宸濠，旋即帶兵先后攻陷九江、南康，正值鏖戰安慶期間，王陽明趁勢領兵萬余人出吉安，疾速攻占了寧王的南昌大營。”
“朱宸濠回師救援期間，雙方在鄱陽湖決戰十余天，直至二十六日活捉朱宸濠，寧王叛亂全程歷時一月即宣告兵敗。”
“明武宗正德十四年八月，待至王陽明南昌獻捷，武宗朱厚照已經自號威武大將軍率軍南下。”
“王陽明上疏諫阻期間，遭遇勾結寧王叛亂的張忠、許泰等近臣陷害，誣稱王陽明串通寧王謀反在前、起兵平叛在后，并要求其將寧王放回湖中，由皇帝親自擒獲。”
“而后，一度陷入被動的王陽明經太監張永指點，不得已重新上書言明皇帝及其寵臣的功績后，方才逃過一劫。”
“歷經三番獻俘蹉跎后，一路溯江南返的王陽明行至銅陵，不由憤懣揮毫寫下《銅陵觀鐵船歌》，寄情鐵船慨嘆前路多艱。”
“次年六月，王陽明不顧再遭冤陷的風險，又一次來到南贛，大閱士卒，傳教戰法，維護了明王朝的政權穩定。”
“南昌平叛兩年后，明世宗朱厚熜登基稱帝，急召王陽明等人進京論功行賞，后因朝廷內部斗爭激烈，王陽明升任南京兵部尚書、參贊機務后便草草收場，他奏請記功的將士也大多被明升暗降，最終廢黜殆盡。”
李白：憤憤不平的王陽明拒不赴任，退而請求回籍省親。